Về cơ bản công tác kế toán nói chung và công tác kế toán bán hàng nói riêng tại Công ty TNHH sản xuất và đầu tư Nguyên Sinh đã đi vào nề nếp, đảm bảo tuân thủ theo đúng chế độ của Nhà nước, phù hợp với điều kiện thực tế của công ty hiện nay. Tuy nhiên bên cạnh đó Công ty cũng không tránh khỏi những tồn tại, còn có những vấn đề chưa hoàn toàn hợp lý và chưa thật tối ưu:
Kế toán phản ánh doanh thu bán hàng, cung cấp dịch vụ và doanh thu nội bộ vào một tài khoản chung là TK 511. Điều này ảnh hưởng đến việc theo dõi doanh thu không rõ ràng. Công ty xuất thành phẩm để tiêu dùng nội bộ không phục vụ cho kinh doanh và xuất bán cho những nhân viên trong công ty. Doanh thu này kế toán phản ánh chung vào TK 511.
Công ty chưa tin học hoá hoàn toàn các nghiệp vụ kinh tế phát sinh, đặc biệt là ở bộ phận kho, sổ sách kế toán (thẻ kho), làm bằng tay nên hiệu quả công việc chưa ca, thời gian tới mới áp dụng kế toán máy nên công việc của kế toán nhiều lên, khó khăn trong việc đối chiếu . Công ty không sử dụng phần mềm kế toán dẫn đến hiệu quả công việc ko đật hiệu quả cao chi phí không tiết kiệm được mà còn tăng chi phí lên.
Trình tự luân chuyển chứng từ chưa thật khoa học, một số rất ít chứng từ chưa đầy đủ nội dung kinh tế.
Hiện nay Công ty vẫn chưa đa dạng hóa phương thức bán hàng, mới chỉ thực hiện hai phương thức bán là bán buôn và bán lẻ trực tiếp cho người tiêu dùng mà không phân phối qua đại lý trong khi bán đại lý là một trong những kênh tiêu thụ hàng hóa hữu hiệu giúp công ty mở rộng thị trường.
Chưa hạch toán các khoản giảm trừ doanh thu chưa đúng theo quyết định 15 ngày 20/03/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính không có các tài khoản TK531, TK532, TK521. Thực tế tại công ty có phát sinh chiết khấu thương mại ngay tại
thời điểm khách hàng mua hàng của công ty . Công ty thực hiện chiết khấu thương mại cho khách hàng tai ngay thời điểm bán trừ thẳng vào doanh thu bán hàng khi ghi vào hoá đơn GTGT thì giá bán đó đã trừ chiết khấu thương mại không sử dụng tới tài khoản 521. Còn giảm giá hàng bán và hàng bị trả lại thực tế không phát sinh nên kế toán cũng không sử dụng tài TK 531,TK 532.Việc kế toán phản ánh các khoản giảm trừ doanh thu như vậy công ty sẽ không theo dõi được khoản giảm trừ doanh thu của công ty là bao nhiêu và không theo dõi được doanh thu bán hàng khi chưa thực hiện chiết khấu thương mại.
Hàng hóa thành phẩm của công ty khá nhiều công ty quản lý theo từng đối tượng thành phẩm hàng hóa nhưng công ty không đánh mã thành phẩm hàng hóa nên nhiều khi gây ra sự không thống nhất giữa các bộ phận. Điều này gây khó khăn cho việc quản lý thành phẩm và hàng hóa.
Công ty không thực hiện chiết khấu thanh toán cho người mua trả tiền trước hạn nên chưa khuyến kích được khách hàng trả tiền sớm.
Cuối kỳ kế toán chưa lập dự phòng giảm giá hàng tồn kho và dự phòng phải thu khó đòi . Nếu giá bán bị giảm so với giá nhập thì sẽ làm ảnh hưởng đến kết quả hoạt động kinh doanh của công ty. Mặc dù việc quản lý và thu công nợ của khách hàng là tương đối tốt tuy nhiên việc không thu được tiền từ phía khách hàng vẫn có thể xảy ra. Vì thế cần thiết phải lập dự phòng phải thu khó đòi .
Thành phẩm, hàng hóa của công ty có thể nhập kho hoặc giao bán ngay không qua kho, bán buôn vận chuyển thẳng nhưng trong mọi trường hợp kế toán đều hoạch toán qua TK 155 và TK 156. Việc hoạch toán như vậy là không thể hiện đúng bản chất của nghiệp vụ kinh tế phát sinh. Bên cạnh đó công ty có cả hoạt động xuất nhập khẩu nên có giao hàng tay ba mà không nhập kho kế toán đều phản ánh qua TK 156 điều đó không đúng.
Công ty khi nhận ủy thác xuất khẩu vì hàng hóa không thuộc sở hữu của công ty nên khi nhận hàng của bên giao xuất khẩu thì phản ánh vào tài khoản 003 và khi gửi hàng để xuất khẩu cũng phản ánh qua TK 003 nhưng kế toán của công ty
không hoạch toán qua TK 003 như thế không đúng với chuẩn mực kế toán hiện hành.