Mặc dù đã có nhiều nỗ lực trong việc hoàn thiện hoạt động thẩm định dự án đầu tư, song công tác này của ngân hàng vẫn còn tồn tại một số hạn chế, khó khăn cần phải khắc phục.
a. Nội dung và quy trình thẩm định của ngân hàng đang trong quá trình hoàn thiện.
Quy trình thẩm định đã được xây dựng là áp dụng chung cho mọi loại dự án, chưa có văn bản hướng dẫn riêng cho từng loại dự án thuộc các lĩnh vực khác nhau. Các nội dung trong quy trình chưa được quy định chi tiết, tỉ mỉ làm cơ sở cho cán bộ thẩm định có căn cứ tham chiếu, khiến họ lúng túng khi thẩm định, đặc biệt đối với những dự án thuộc các lĩnh vực kinh doanh mới. Đó cũng là nguyên nhân dẫn đến tình trạng bỏ qua hoặc tuỳ tiện trong một số trường hợp.
Mặc dù quy trình tín dụng của ngân hàng có quy định khá đầy đủ các nội dung cần tiến hành trong quá trình thẩm định một dự án đầu tư, song trên thực tế việc thẩm định mới chỉ tập trung vào phương diện tài chính và phân tích thị trường. Điều này cũng hoàn toàn dễ hiểu, bởi trên thực tế ngân hàng là một đơn vị kinh doanh và cũng không có đủ nguồn lực để thẩm định hết các yếu tố, dó đó các khía cạnh còn lại chưa được nghiên cứu quan tâm đầy đủ, nhất là khía cạnh kinh tế- xã hội của dự án. Đây cũng là một thực tế chung ở hầu hết các ngân hàng thương mại Việt Nam.
Trong thời gian qua mặc dù các trang thiết bị phục vụ cho hoạt động thẩm định đã được ngân hàng chú trọng đầu tư, tuy nhiên do đặc thù của ngành ngân hàng đòi hỏi hệ thống trang thiết bị phải được thường xuyên đổi mới, cập nhật, nên sự đầu tư đó vẫn chưa đáp ứng kịp nhu cầu. Bên cạnh đó, hệ thống trang thiết bị này chưa được khai thác một cách triệt để, mới chủ yếu dùng để soạn thảo văn bản vàtính toán đơn thuần trên Excell. ở đây cũng phải kể đến năng lực thành thạo máy tính của một bộ phận cán bộ thẩm định còn chưa ổn
Tuy nhiên nguyên nhân chủ yếu nhất dẫn đến hạn chế trên chính là do ngân hàng chưa nghiên cứu và áp dụng các phần mềm hiện đại trong thẩm định và quản lý dự án. Điều này trái ngược với xu hướng hiện nay, khi mà hoạt động thẩm định ngày càng đòi hỏi phải được chuẩn hoá thông qua việc áp dụng hệ thống các phần mềm trong phân tích chuyên ngành, quản lý và dự báo. Trong tương lai, ngân hàng nên chú ý áp dụng hơn nữa ứng dụng của khoa học công nghệ trong hoạt động thẩm định dự án
b. Hoạt động thu thập, quản lý, lưu trữ thông tin của ngân hàng vẫn chưa đáp ứng yêu cầu
Việc thu thập thông tin của ngân hàng còn nhiều hạn chế như: ngân hàng vẫn chưa khai thác triệt để các nguồn thông tin đa dạng từ trung tâm thông tin tín dụng
Ngân hàng Nhà nước, từ các Bộ ngành liên quan, từ đối tác, khách hàng, bạn hàng của Ngân Hàng Đầu Tư và Phát Triển Việt Nam. Ngân hàng chưa có bộ phận chuyên trách phục vụ việc thu thập thông tin về các văn bản pháp quy mới, các thông số, quy chuẩn, tiêu chuẩn kinh tế- kỹ thuật được áp dụng trong từng lĩnh vực dự án khác nhau, về các đối tác đã, đang và sẽ có quan hệ tín dụng với mình. Phòng khách hàng mới chỉ làm nhiệm vụ tìm kiếm, duy trì và triển mối quan hệ khách hàng mà chưa có sự hỗ trợ thông tin về khách hàng cho hoạt động thẩm định. Mặt khác, ngân hàng cũng ít khi chủ động thu thập thông tin, đánh giá lại các dự án đã và đang thực hiện làm tài liệu tham khảo để thẩm định các dự án tương tự về sau, việc thu thập thông tin thường chỉ được phát sinh ở một dự án nào đó cần được thẩm định
Bên cạnh đó, các thông tin về dự án đã thực hiện được lưu trữ dưới dạng thô sơ, chưa có hệ thống, chưa tận dụng được hết hiệu quả của máy tính và mạng máy tính trong việc lưu trữvà tra cứu khi cần. Sự phối hợp trao đổi thông tin, tư vấn giữa Ngân Hàng với các đơn vị khác trong ngành hầu như chưa có
Tóm lại, ngân hàng chưa xây dựng cho mình một hệ thống cơ sở dữ liệu, thông tin hoàn chỉnh, cũng như chưa tận dụng các thành tựu của khoa học kỹ thuật trong việc xử lý và sử dụng những dữ liệu ấy