Theo kết quả thống kê của Ủy ban nhân dân tỉnh Cà Mau (2007), Vườn quốc gia U Minh hạ nằm cách Thành phố Cà Mau vào khoảng 30 km về phía Bắc, gồm vùng lõi khu bảo tồn thiên nhiên Vồ Dơi (cũ) và một phần của các Lâm ngư trường U Minh III và Lâm ngư trường Trần Văn Thời.
Vườn quốc gia U Minh hạ có tổng diện tích tự nhiên là 8.527.8 ha.
Về ranh giới hành chính, Vườn quốc gia U Minh hạ nằm trên địa bàn các xã Khánh Lâm, Khánh An, Nguyễn Phích thuộc huyện U Minh và các xã Trần Hợi, Khánh Bình Tây Bắc thuộc huyện Trần Văn Thời.
Về vị trí của Vườn quốc gia U Minh hạđược xác định bởi toạđộđịa lý và ranh giới như sau:
- Tọa độ địa lý: Từ 9°12′30″ tới 9°17′41″ vĩ bắc và 104°54′11″ tới 104°59′16″
kinh đông.
- Ranh giới:
+ Ranh giới phía Bắc là kênh số 27, từ kênh T90 đến kênh T100;
+ Ranh giới phía Nam là kênh 600 (đoạn từ kênh 19 đến kênh giữa), kênh 500 và kênh 1200 (đoạn từ kênh giữa đến kênh Đứng trong);
+ Ranh giới phía Tây là kênh số 90 (đoạn từ kênh 27 đến kênh 21); kênh Đứng trong (đoạn từ kênh 1200 đến kênh 21);
+ Ranh giới phía Đông là kênh số 100 (đoạn từ kênh 27 đến kênh 21); và kênh T19 (đoạn từ kênh 21 đến kênh 600).
Theo Trịnh Văn Lên (2006), Vườn quốc gia U Minh hạ có ba phân khu chính gồm:
- Khu bảo tồn hệ sinh thái rừng trên đất than bùn: 2.570 ha (là vùng lõi của Khu bảo tồn thiên nhiên Vồ Dơi hiện nay). Chức năng chủ yếu là: Bảo vệ nghiêm ngặt hệ
sinh thái rừng trên đất than bùn, sựđa dạng về cảnh quan tự nhiên và tài nguyên động, thực vật; bảo vệ và tái tạo nơi cư trú, kiếm ăn và sinh sản của các loài động vật hoang dã, đặc biệt là các loài chim nước; tạo nơi cư trú thích hợp cho các loài thủy sản và cung cấp nguồn giống thủy sản tự nhiên; phục vụ công tác nghiên cứu khoa học về
rừng ngập nước, đất than bùn, bảo tồn đa dạng sinh học, cảnh quan thiên nhiên và môi trường của vùng đất ngập nước U Minh hạ.
- Phân khu phục hồi và sử dụng bền vững hệ sinh thái rừng ngập nước có diện tích 4.961 ha (thuộc Tiểu khu 059, 061, 063 của Lâm Ngư Trường Trần Văn Thời và Tiểu khu 069, 070, 072, 073, 075, 076 của Lâm Ngư Trường U Minh III hiện nay), có chức năng chủ yếu là: Khôi phục rừng tràm và hệ sinh thái đất ngập nước; bảo tồn nguồn gen sinh vật quý hiếm, nơi sinh sống và kiếm ăn của các loài động vật hoang dã, đặc biệt là các loài chim nước, tái tạo hệđộng, thực vật bản địa; bảo vệ những cảnh quan thiên nhiên đặc thù của hệ sinh thái rừng ngập nước, phát triển du lịch sinh thái và các phương thức bảo tồn gắn với sử dụng bền vững các loại tài nguyên của hệ sinh thái đất ngập nước.
- Phân khu dịch vụ hành chính có diện tích 755 ha (diện tích của Phân trại K3 cũ thuộc Trại giam K1 Cái Tàu) có chức năng chủ yếu: Là trung tâm quản lý và điều hành mọi hoạt động của Vườn quốc gia U Minh Hạ; là nơi xây dựng các công trình: Nhà làm việc của Vườn quốc gia, nhà diễn giải môi trường, trung tâm điều hành du lịch sinh thái, nhà khách công vụ và các hạng mục công trình xây dựng khác; Là địa
điểm xây dựng một hồ chứa nước với diện tích từ 200 – 300 ha, nhằm mục đích phục vụ phòng, chống cháy rừng và cung cấp nước ngọt cho nhân dân ở vùng lân cận.
Ngoài ra, Vườn quốc gia U Minh hạ còn có vùng đệm với diện tích 25.013 ha, thuộc phạm vi Lâm Ngư Trường U Minh III, Lâm Ngư Trường Trần Văn Thời, Lâm
Ngư Trường U Minh I, Trung tâm giống huyện U Minh, Phân trại K3 mới thuộc Trại giam K1 Cái Tàu và Trung tâm nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật rừng ngập Minh Hải (ngoài diện tích đã quy hoạch cho Vườn quốc gia U Minh Hạ). (Trịnh Văn Lên, 2006). Trải qua bao thế hệ con người đi khai hoang, mở đất, nhưng vốn rừng vẫn không mất đi, rừng vẫn được bảo tồn và phát triển, (Ngọc Quân, 2007).