Phần lớn các phƣơng pháp nói trên đƣợc sử dụng để sàng lọc bƣớc đầu đột biến điểm/SNPs. Để khẳng định chình xác đột biến hay biển đổi ngƣời ta phải giải trính tự trực tiếp. Nguyên tắc của hầu hết các phƣơng pháp giải trính tự hiện nay đều dựa trên phƣơng pháp enzyme giải trính tự. Với sự phát triển của các enzyme ADN polymerase và các hợp chất hóa học, phƣơng pháp này cho phép sàng lọc SNPs hiệu quả rất cao. Để thực hiện đƣợc giải trính tự bằng máy tự động thí các mạch đơn DNA đƣợc tổng hợp trong ống phản ứng giải trính tự phải đƣợc đánh dấu huỳnh quang để các vạch điện di của các mạch đơn này phát sáng khi đi qua một chùm tia sáng laser.
là: phần điện di với gel polyacrylamide và phần phát hiện các vạch điện di Phần điệndi polyacrylamide có thể là một bản gel hay là một ống mao quản chứa gel. Phần phát hiện vạch điện di là những con mắt cảm quang và một chùm tia laser đi qua trƣớc nó.
Nguyên tắc hoạt động của máy là trong suốt quá trính điện di, mỗi khi có một vạch điện di đi qua chùm tia laser thí vạch điện di sẽ phát sáng lên và sự phát sáng này sẽ đƣợc con mắt cảm quang ghi nhận và lƣu lại thành một đỉnh cƣờng độ sáng trong biểu đồ. Từ biểu đồ của các đỉnh cƣờng độ sáng này, máy sẽ so dòng của các đỉnh tƣơng ứng với các màu để cuối cùng phân tìch thành trính tự của đoạn DNA Với các máy thế hệ mới sau này, ngƣời ta có thể dùng 4 màu huỳnh quang khác nhau để đánh dấu 4 loại ddNTP, nhờ vậy phản ứng giải trính tự có thể thực hiện đƣợc chỉ trong một ống nghiệm. Phƣơng pháp này cho phép xác định chình xác các điểm đột biến trên cả một hệ gen với độ nhạy rất cao cung cấp đầy đủ thông tin về điểm đột biến nhƣ: loại đột biến, vị trì, hậu quả. Tuy nhiên nó có hạn chế là đòi hỏi sản phẩm khuếch đại ADN phải có độ tinh sạch rất cao và các hóa chất, thiết bị đắt tiền.