Về công tác phối hợp, Chi cục Hải quan sân bay Quốc tế Nội Bài cần tăng cường phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan, các hãng hàng không trong công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu qua đường hàng không trên địa bàn quản lý.
Việc tăng cường phối hợp giữa các cơ quan chức năng trong công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu là một quan điểm chỉ đạo rõ ràng và nhất quán mà Đảng và Nhà nước đã đề ra. Cho nên tất cả các lực lượng chức năng đều phải quán triệt và triển khai để có thể phối hợp với nhau chặt chẽ trong công tác đấu tranh phòng chống buôn lậu trên địa bàn quản lý của mình. Đối với Chi cục Hải quan sân bay Quốc tế Nội Bài nói riêng, việc quán triệt quan điểm này cần phải được thể hiện trong các hoạt động thưc tế, như việc chủ động, tăng cường trao đổi, cung cấp thông tin về tình hình vụ việc, đối tượng buôn lậu với các cơ quan chức năng trên cùng địa bàn. Đồng thời phải tích cực hỗ trợ lẫn nhau trong việc bắt giữ và xử lý các vụ buôn lậu, vận chuyển hàng hóa trái phép.
Để làm tốt công tác phòng chống buôn lậu, Chi cục Hải quan cửa khẩu sân bay Quốc tế Nội Bài cần phải phối hợp tốt với các cơ quan chức năng liên quan như Đội 1- Cục Điều tra chống buôn lậu, Công an, Quản lý thị trường để xây dựng, ngăn chặn, phát hiện và bắt giữ kịp thời các vụ buôn lậu. Đồng thời Chi cục cũng cần tích cực phối hợp với các Chi cục khác để kiểm tra, xác minh, điều tra các đối tượng trọng điểm, có căn cứ nghi vấn về các vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa....
Bên cạnh đó, Chi cục Hải quan sân bay Quốc Tế Nội Bài có địa bàn hoạt động tại Cảng Hàng không Nội Bài, chính vì thế để hoàn thành tốt được công tác giám sát, phòng chống buôn lậu thì Chi cục phải thường xuyên phối hợp với các Hãng hàng không để thu thập các thông tin liên quan về chuyến bay, hành khách,.. từ đó lên những phương án hành động.
Về tổ chức bộ máy chống buôn lậu, Chi cục Hải quan Nội Bài cần phải có những định hướng, chính sách để chuyên môn hóa vai trò chống buôn lậu tại Tổ Kiểm soát phòng chống buôn lậu.
Một thực trạng được nhìn thấy trong công tác chống buôn lậu tại Chi cục là nhiệm vụ chống buôn lậu được đặt ra cho hầu hết các Tổ, Đội. Hầu hết các tổ đội đều có chức năng giám sát chống buôn lậu, trong khi đã có một Tổ riêng để thực hiện nhiệm vụ này – Tổ Kiểm soát phòng chống buôn lậu- chính điều này đã làm cho hoạt động chống buôn lậu của Tổ chưa được hiệu quả. Do vậy, đa số các thành tích đạt được trong công tác chống buôn lậu tại Chi cục Hải quan Nội Bài đều là kết quả phối hợp giữa các Tổ, Đội.
Để khắc phục hạn chế trên, Chi cục Hải quan cửa khấu sân bay Quốc tế Nội Bài cần có những chính sách, định hướng nhiệm vụ rõ ràng cho các Tổ, Đội để nâng cao vai trò chủ chốt trong công tác giám sát phòng chống buôn lậu của Tổ Kiểm soát phòng chống buôn lậu, sao cho hoạt động của tổ chủ động hơn. Tổ Kiểm soát phòng chống buôn lậu nên giữ chức năng chỉ huy, lãnh đạo các tổ khác trong công tác phòng chống buôn lậu thay vì chỉ đóng chức năng hỗ trợ như hiện giờ.