Từ năm 1989 Việt Nam bắt đầu xuất khẩu gạo với số lượng lớn, nhanh chóng chiếm được vị trí là một trong những nước xuất khẩu gạo lớn nhất trên thế giới. Xuất khẩu gạo tăng nhanh cả về số lượng và kim ngạch, chất lượng gạo đã có những tiến bộ. Một trong những yếu tố dẫn đến kết quả trên là chúng ta đã có cơ chế đièu hành xuất khẩu gạo. Cơ chế này được hoàn thiện liên tục qua từng năm. Trong đó, Nhà nước thực hiện tổ chức thu mua gạo xuất khẩu thông qua các đầu mối xuất khẩu, và hạn ngạch xuất khẩu gạo, nhằm điều tiết lượng gạo xuất khẩu.
Nhà Nước phân bổ đầu mối cho các tỉnh vùng lúa, Nhà Nước can thiệp trực tiếp vào hoạt động xuất khẩu gạo nhằm thực hiện nguyên tắc ưu tiên hàng đầu cho mục tiêu an ninh lương thực quốc gia. Ngoài ra Chính Phủ còn phân bổ hạn ngạch cho các tỉnh vùng lúa, uỷ nhiệm cho lãnh đạo các tỉnh điều hành và quản lý nhằm đảm bảo cơ chế xuất khẩu gạo được linh hoạt hơn.
Nhiều năm qua đầu mối xuất khẩu gạo là một điểm nóng trong hoạt động xuất khẩu gạo. Thời gian đầu, nhiều Doanh nghiệp nhà nước tìm mọi cách để được trực tiếp xuất khẩu gạo. Nhiều hoạt động tranh mua tranh bán trong nước thương nhân nước ngoài lợi dụng để ép giá, ép cấp gây tổn hại lợi ích quốc gia trong xuất khẩu gạo. Nhằm khắc phục tình trạng cạnh tranh tự phát hỗn loạn, năm 1992 Bộ Thương Mại không chỉ quyết định mức giá tối thiểu mà còn cùng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trương tinh giảm số doanh nghiệp nhà nước được phép xuất khẩu gạo nhằm nâng cao trình độ tập trung hoá và chuyên môn hoá xuất khẩu, tăng sức cạnh tranh trên thị trường thế giới. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện có nhiều trở ngại phức tạp nảy sinh. Tuy Nhà Nước quy tụ được phần lớn (khoảng 70%) lượng gạo xuất khẩu vào số ít doanh ngiệp đầu mối chính nhưng số doanh nghiệp nhỏ vẫn còn khá đông. Do đó tổng số doanh nghiệp xuất khẩu gạo vẫn nhiều, thậm chí còn tăng qua các năm như sau: năm 1989 : 23 đầu mối xuất khẩu gạo, 1991:26, 1992:43, 1993:43, 1994:45, 1996:15, 1997:16, 1998: 33, 1999:40
Sau khi sắp xếp lại hệ thống lương thực quốc doanh thành 2 Tổng Công ty lương thực Trung Ương vào năm 1995, sang năm 1996 chính phủ lại rà soát kĩ các doanh
nghiệp xuất khẩu gạo. Do vậy lần đầu tiên vào năm 1996 cả nước chỉ còn 15 doanh nghiệp đầu mối xuất khẩu trực tiếp và cũng là lần đầu tiên đảm bảo xuất khẩu gạo vượt ngưỡng 3 triệu tấn. Đến các năm gần đây số đầu mối lại có hướng tăng nhanh và thực tế lại xuất khẩu với không ít bất cập.
Hàng năm Chính phủ có quyết định riêng về điều hành xuất khẩu gạo và tiêu thụ lúa gạo. Nhà nước còn hỗ trợ tài chính mua lúa gạo tạm trữ, lượng mua tạm trữ năm 1999 là 1,5 triệu tấn quy ra thóc, năm 2000 là 1 triệu tấn quy gạo được hỗ trợ lãi vay Ngân hàng trong 6 tháng. Trong thời gian gần đây, cùng với quá trình hội nhập nền kinh tế thế giới, chính sách khuyến khích xuất khẩu, mức thuế xuất khẩu của Việt Nam đã giảm dần và năm 1999 thuế xuất khẩu gạo được quy định: gạo 25% tấm thuế suất 0%, các loại khác thuế suất 1%.
Từ cuối năm 1999 đến nay, giá gạo thị trường thế giới liên tục giảm làm cho giá gạo Việt Nam xuất khẩu cũng phải giảm theo. Để tiêu thụ kịp thời lúa hàng hoá cho nông dân và để ngăn chặn tình trạng giá lúa liên tục xuống thấp, Chính phủ quyết định giao cho tổng công ty lương thục Miền Nam và công ty kinh doanh xuất khẩu gạo ở các tỉnh Đồng Bằng Sông Cửu Long mua tạm trữ 1 triệu tấn gạo và doanh nghiệp được hỗ trợ lãi vay ngân hàng trong 12 tháng, đồng thời áp dụng các giải pháp kích cầu và hạn chế cung.
Đến năm 2001 Nhà nước thực hiện bãi bỏ qui định về hạn ngạch xuất khẩu gạo, để bất cứ Doanh nghiệp nào có đăng ký kinh doanh trong ngành lương thực cũng có thể xuất khẩu gạo trực tiếp. Bên cạnh đó Chính phủ còn chủ trương quy hoạch gắn các công ty kinh doanh lương thực xuất khẩu vơí từng vùng lúa gạo để công ty phối hợp với địa phương có nhiệm vụ bao tiêu sản phẩm, thu mua lúa cho nông dân, trực tiếp hỗ trợ cho nông dân các yếu tố đầu vào của sản xuất, đảm bảo lợi ích của người nông dân và ổn định thị trường các doanh nghiệp chế biến kinh doanh gạo đạt tiêu chuẩn xuất khẩu.
Ngoài ra còn có một số trung tâm giao dịch ở những vùng lúa tập trung được xây dựng để người sản xuất có thể giao dịch trực tiếp với các doanh nghiệp thu mua lương thực theo phương thức và giá sàn qui định của Nhà nước.
Mục đích hệ thống tổ chức xuất khẩu gạo này là nhằm làm cho gạo Việt Nam có sức cạnh tranh hơn trên thị trường thế giới.