Buồng trứng cá sọc ngựa là một tuyến đôi gồm 2 nhánh có hình túi, dài nằm trong xoang bụng và treo lên vách xoang cơ thể nhờ màng treo buồng trứng. Hai nhánh này nằm hai bên ruột và ở dưới bóng hơi. Hai nhánh của buồng trứng phát triển đồng đều, ít chênh lệch nhau về kích thước.
Trong quá trình nuôi, hàng tuần tiến hành kiểm tra mẫu để phân tích xác định khả năng phát dục của cá. Do thời gian nghiên cứu còn ngắn nên chưa thu được mẫu buồng trứng ở giai đoạn I và VI, mà chỉ mới thu được buồng trứng ở giai đoạn II, III, IV và V.
Giai đoạn II
Buồng trứng gia tăng về kích thước và phân thùy rõ rệt, chiếm 1/3 đến 1/4 thể tích khoang bụng. Buồng trứng vẫn trong suốt. Dọc theo buồng trứng là một mạch máu lớn có những nhánh nhỏ. Ở giai đoạn này, bằng mắt thường chưa phân biệt được hạt trứng nhưng qua kính lúp có thể thấy rõ ràng từng hạt trứng, chúng trong suốt và hầu như không màu. Và phân biệt được đực cái do có thể phân biệt được tuyến sinh dục đực và tuyến sinh dục cái bằng mắt thường
Giai đoạn III
Buồng trứng có sự tăng trưởng mạnh về kích thước của từng hạt trứng cũng như cả buồng trứng, chiếm 1/3 đến 1/2 thể tích xoang bụng. Các hạt trứng không còn trong suốt mà chuyển sang màu đục. Màu của buồng trứng cũng đậm hơn. Kích thước noãn bào tăng nhanh không chỉ do quá trình tăng thể tích nguyên sinh chất mà còn do quá trình tạo noãn hoàng, có thể thấy rõ các hạt trứng bằng mắt thường. Nếu cắt buồng trứng và dung đầu kéo để lấy ra những hạt trứng riêng, thì trứng khó tách ra khỏi những vách ngăn bên trong của buồng trứng và luôn kết thành từng chùm gồm nhiều hạt.
Giai đoạn IV
Tuyến sinh dục có kích thước lớn, chiếm gần hết xoang bụng, kích thước hạt trứng đạt tối đa. Các hạt trứng to, lực liên kết giữa các tế bào trứng giảm làm trứng có xu thế tách rời nhau ra. Ở giai đoạn này ta có thể dễ dàng tách từng hạt trứng ra riêng rẽ. Buồng trứng có màu trắng đục.
Giai đoạn V
Giai đoạn đẻ trứng, nhìn bên ngoài bụng cá to, thành bụng mềm, lỗ sinh dục to và hơi lồi ra. Buồng trứng căng tròn, có màu trắng đục. Lúc này nếu vuốt nhẹ vào bụng cá, trứng sẽ theo lỗ sinh dục chảy ra ngoài.