Những phần trên cũng đã có lúc đề cập đến vấn đề an toàn của mô hình mã dòng. Trong mật mã nói chung và mã dòng nói riêng, vấn đề an toàn luôn gắn liền với vấn đề
tấn công [4], nên khi bàn về tính an toàn ta cũng sẽ đề cập đến các yếu tố tấn công này. Rõ ràng nếu một mô hình mã dòng vô hiệu được các tấn công thì mô hình đó thực sự mạnh. Tuy nhiên do giới hạn của một luận văn đại học, nên luận văn này sẽ không đi
quá sâu vào các tấn công cũng như các phương pháp thám mã, có nhắc thì cũng chỉ đề cập về sự hiện diện của các tấn công trong các mô hình mã dòng cụ thể. Như Phần 2.3. Một số kiến trúc mã dòng có đề cập, sự an toàn của một mô hình mã dòng phụ thuộc
vào kiến trúc mã dòng được dùng. Các khía cạnh mật mã của dãy hay dòng khóa
được sinh ra bởi generator cũng ảnh hướng đến tính an toàn của mô hình mã dòng, bởi vì có các tấn công xuất phát từ dãy và phụ thuộc vào các khía cạnh mật mã này. Bản thân kiến trúc của generator cũng đóng vai trò lớn trong việc đảm bảo tính an toàn của mô hình mã dòng tương ứng, ví dụ tính phi tuyến hay việc sử dụng hàm Boolean
trong kiến trúc của generator. Trong kiến trúc của generator không chỉ có các hàm Boolean mà còn có thể có các thành phần phức tạp hơn như S-box, một thành phần cũng hay gặp thấy trong kiến trúc của các hệ mã khối. Các đặc tính mật mã của hàm Boolean và S-box ảnh hướng lớn đến độ an toàn của generator.
Một vấn đề nữa trong mật mã, đó là việc cân nhắc giữa tính an toàn và tốc độ cũng như độ khó cài đặt của một thuật toán hay phương pháp mật mã. Mã dòng cũng không ngoại lệ, một số hệ thống mã dòng thì dễ cài đặt nhưng có thể có sự cân bằng giữa các tham số an toàn đã biết, một số thì khó cài đặt nhưng tính an toàn của chúng có thể dễ bị kiểm soát, một số khác có thể có cả sự cài đặt dễ dàng và tính an toàn lý tưởng nhưng lại chậm. Điều này làm cho nhà thiết kế mô hình mã dòng phải cân nhắc tùy theo yêu cầu đòi hỏi, hoặc nên thiết kế một cách có sự cân bằng giữa các yêu cầu về độ khó cài đặt, tính an toàn và tốc độ.
Phần này cũng chỉ đi sâu nghiên cứu tính an toàn của các mô hình mã dòng dùng generator dựa trên thanh ghi dịch chuyển, do tính phổ dụng của nó trong thực tế mã dòng.