Tảo trong ao nuôi có vai trò rất quan trọng, là thức ăn của động vật không xương sống, là chất hấp thụ mạnh các muối dinh dưỡng và lọc sạch các hợp chất hữu cơ, vô cơ giúp làm sạch môi trường ao nuôi. Tảo còn là nguồn cung cấp oxy hòa tan trong nước.
Tuy nhiên trong điều kiện bất lợi thì trong ao có thể xuất hiện một số loại tảo có tác hại trực tiếp đối với tôm như các loại tảo độc, các loại tảo bám trên thân tôm gây bệnh đóng rong, làm tắc nghẽn mang tôm và khi chúng tàn sẽ gây ô nhiễm môi trường nước trong ao. Do tảo có vai trò quan trọng đối với môi trường nước trong ao nuôi cũng như đối với các hoạt động sống của tôm nên việc duy trì sự tồn tại của các loại tảo có lợi với mật độ thích hợp có ý nghĩa rất quan trọng.
Nguyên nhân làm tảo tàn là do thiếu CO2, thiếu các muối dinh dưỡng, thiếu ánh sáng và do sự thay đổi đột ngột của các yếu tố môi trường như: mưa gió, giảm độ kiềm, giảm độ mặn…
Để duy trì sự ổn định của tảo trong ao thì chúng tôi thực hiện các biện pháp kỹ thuật như: định kỳ 5-7 ngày/lần bón vôi CaCO3 với liều lượng 25 kg/1000m2 nhằm ổn định độ kiềm và cung cấp CO2 cho quá trình quang hợp của tảo, đồng thời định kỳ 7-10 ngày cũng bón men vi sinh BIO-TS.01 với liều lượng là 100 gr/ha cho tháng thứ nhất, 150 gr/ha cho tháng thứ 2 và thứ 3 và 200-250 gr/ha cho các tháng tiếp theo nhằm mục đích phân hủy các hợp chất hữu cơ trong ao, cung cấp dinh dưỡng cho sự phát triển của tảo. Việc vận hành máy quạt nước vào những thời điểm thích hợp cũng là biện pháp rất hiệu quả trong việc duy trì sự ổn định của tảo.
Tuy nhiên khi môi trường nước trong ao quá phì dưỡng do thức ăn dư thừa, các sản phẩm thải của tôm nuôi… có thể sẽ dẫn đến hiện tượng nở hoa của tảo và khi gặp điều kiện bất lợi sẽ tàn lụi sẽ gây ô nhiễm môi trường ao nuôi và gây sốc cho tôm. Để tránh xảy ra hiện tượng này cần phải thường xuyên theo dõi và có chế độ chăm sóc, quản lý chặt chẽ. Khi mật độ tảo trong ao quá dày có thể sẽ gây sốc cho tôm do sự biến động pH theo ngày đêm lớn và do thiếu oxy vào lúc sáng sớm. Khi đó ta có thể áp dụng biện pháp kỹ thuật để khống chế mật độ tảo bằng cách bón 5-7 kg/1000m2 vôi vào lúc 4 giờ sáng, bón liên tục trong 4-5 ngày có thể làm giảm mật độ tảo dần dần, không gây ra hiện tượng tảo tàn hàng loạt. Nếu trong ao chứa có nước đã xử lý thì có thể cấp thêm nước để làm giảm mật độ tảo.