Dựa vào cấu trúc phân tử:
Chitinase được sắp xếp vào 2 họ Glycohydrolase (enzyme thuỷ phân đường): Họ glycohydrolase 18 và Họ glycohydrolase 19.
Dựa vào trình tự amino acid:
Dựa vào trình tự đầu amin (N), sự định vị của enzyme, điểm đẳng nhiệt, peptid nhận biết và vùng cảm ứng, người ta phân loại enzyme chitinase thành 5 nhóm:
- Nhóm I: Là những đồng phân enzyme trong phân tử có vùng đầu N giàu cysteine chứa khoảng 40 acid amin nối với tâm xúc tác thong qua một đoạn giàu glycin hoặc prolin ở đầu carboxyl ( C) ( peptid nhận biết).
- Nhóm II.: Là những đồng phân enzyme trong phân tử chỉ có tâm xúc tác có trình tự amino acid tương tự ở chitinase nhóm I, thiếu đoạn giàu cysteine ở đầu N và peptid nhận biết ở đầu C. Chitinase nhóm II có ở thực vật, nấm và vi khuẩn,
chúng được cảm ứng bởi các tác nhân bên ngoài. Ở thực vật, các protein nhóm II thuộc loại protein kháng bệnh và được tế bào tiết ra dưới nhiều điều kiện stress khác nhau.
- Nhóm III: Trình tự amino acid hoàn toàn khác với chitinase nhóm I và II, nhưng rất giống về trình tự với lysozyme ở Hevea brasiliensis, vì thế chúng mang hoạt tính lysozyme. Ở thực vật, các chitinase nhóm III là các protein kháng bệnh và được tiết ra ngoại bào.
- Nhóm IV: Là những đồng phân enzyme chủ yếu có ở lá cây hai lá mầm, 41-47% trình tự amino acid ở tâm xúc tác của chúng tương tự như chitinase nhóm I và khá giống với chitinase vi khuẩn, trong phân tử cũng có đoạn giàu cysteine nhưng kích thước phân tử nhỏ hơn đáng kể so với chitinase nhóm I.
- Nhóm V: Dựa trên những dữ liệu về trình tự, người ta nhận thấy vùng gắn chitin (vùng giàu cysteine) có thể đã giảm đi nhiều lần trong quá trình tiến hoá ở thực vật bậc cao.
Dựa vào phản ứng phân cắt:
Enzyme phân giải chitin bao gồm endochitinase, chitin-1,4-β-chitobiosidase, N- acetyl-β-D-glucosaminidase (exochitinase) và chitobiase.
Ngoài ra, đối với chitosan – dẫn xuất deacetyl hóa của chitin, chitosanase (EC 3.2.2.132) xúc tác thủy phân chitosan tạo thành các oligosaccharide tương ứng.