kiểm toỏn cần ỏp dụng cho phự hợp với sự hướng dẫn nghiệp vụ kiểm toỏn đảm bảo sỏt với thực tế; kết quả kiểm toỏn phản ỏnh đầy đủ vào Bỏo cỏo kiểm toỏn của ngõn sỏch địa phương. Với đặc điểm của ngõn sỏch nhà nước Việt nam, việc tiếp cận kiểm toỏn ngõn sỏch khụng thể trỏnh khỏi việc bỏ qua cỏc sai phạm nếu khụng cú sự kết hợp hài hũa giữa cỏc cuộc kiểm kiểm toỏn, đặc biệt là cỏc cuộc kiểm toỏn ngõn sỏch trung uơng và ngõn sỏch địa phương.
Túm lại, kết quả của việc đổi mới tổ chức hoạt động kiểm toỏn tại cơ quan quản lý thuế đó gúp phần nõng cao hiệu lực và hiệu quả cỏc cuộc kiểm toỏn, trong đú nổi bật là đó đỏnh giỏ tương đối toàn diện về tuõn thủ phỏp luật một số
chỉ tiờu cơ bản về quản lý thuế; kiến nghị xử lý truy thu, xử phạt vi phạm, phạt chậm nộp thuế đối với cỏc sai phạm trong việc tuõn thủ phỏp luật thuế và quản lý thuế đó gúp phần thỳc đẩy quỏ trỡnh đổi mới và hoàn thiện hệ thống chớnh sỏch thuế và phỏp luật về quản lý thuế; kiến nghị đối với cơ quan quản lý thuế
và cỏc cơ quan cú thẩm quyền sửa đổi, bổ sung hoặc ban hành mới cỏc văn bản quy phạm phỏp luật về thuế và quản lý thuế cho phự hợp với cỏc quy định của phỏp luật và điều kiện phỏt triển kinh tế - xó hội trong từng thời kỳ.... Đặc biệt là
đó phỏt hiện và kiến nghị xử lý những sai phạm, tồn tại trong việc ban hành cỏc văn bản hướng dẫn và điều hành, sử dụng nguồn NSNN khụng đỳng mục đớch, nhiệm vụ được giao ở cỏc cấp quản lý, kiểm toỏn việc thực hiện phỏp luật về
quản lý thuế dó đưa ra cỏc kiến nghị truy thu và giảm chi cú tỏc dụng ngăn chặn việc quản lý, sử dụng cỏc khoản chi NSNN khụng đỳng quy định; cỏc khoản chi dễ dẫn tới hiệu quả kộm, thất thoỏt lóng phớ NSNN. Quỏ trỡnh thực hiện nhiệm vụ đó khai thỏc tập hợp được cỏc bằng chứng cú giỏ trị để tổng hợp, đưa ra cỏc
đỏnh giỏ, nhận xột, kiến nghị xỏc đỏng, thuyết phục.
2.1.2. Về hồ sơ, biểu mẫu kiểm toỏn
Về hồ sơ, biểu mẫu kiểm toỏn, cỏc cuộc kiểm toỏn, ngoài việc phải sử
dụng biểu mẫu hồ sơ kiểm toỏn theo Quyết định số 02/2007/QĐ-KTNN ngày 26/6/2007 của Tổng Kiểm toỏn Nhà nước, cỏc cuộc kiểm toỏn về quản lý thuế đó sử dụng cỏc biểu mẫu bỏo cỏo riờng gắn với cỏc chỉ tiờu bỏo cỏo và quy trỡnh nghiệp vụ quản lý thuế đó gúp phần nõng cao hiệu lực và hiệu quả của cuộc kiểm toỏn. Tuy nhiờn, cỏc biểu mẫu kiểm toỏn chủ yếu đang sử dụng cỏc biểu mẫu kốm theo hướng dẫn của Kiểm toỏn Nhà nước dưới hỡnh thức Cụng văn hướng dẫn nghiệp vụ mà chưa được chuẩn húa để ban hành dưới hỡnh thức văn bản quy phạm phỏp luật nờn hiệu lực phỏp lý chưa cao. Mặc khỏc, hệ thống cỏc chỉ tiờu bỏo cỏo của cơ quan quản lý thuế mang tớnh đặc thự hoặc cũn thiếu
nhiều chỉ tiờu nờn việc cung cấp cho cơ quan kiểm toỏn cũn thiếu kịp thời, thiếu chớnh xỏc mà chưa cú sự ràng buộc trỏch nhiệm phỏp lý đối với cơ quan, đơn vị
cung cấp thụng tin, số liệu.
2.1.3. Về Quy trỡnh kiểm toỏn về thuế và quản lý thuế
- Nhiều nội dung quy trỡnh kiểm toỏn liờn quan đến lĩnh vực thu ngõn sỏch Nhà nước khụng cũn phự hợp với thực tế kiểm toỏn của Kiểm toỏn Nhà nước, như: cỏc bước khảo sỏt, lập kế hoạch kiểm toỏn, việc thực hiện kiểm toỏn tại cơ
quan quản lý thuế chưa đặt trong mối quan hệ với việc tuõn thủ của người nộp thuế và việc lựa chọn mẫu kiểm toỏn, theo đú chỉ tập trung việc kiểm toỏn tại cơ
quan quản lý thuế thụng qua việc kiểm tra, đối chiếu hồ sơ, tài liệu liờn quan đến hồ sơ thuế mà chưa chỳ trọng đến việc kiểm tra, đối chiếu tớnh chớnh xỏc của việc kờ khai, nộp thuế của người nộp thuế...
- Một số nội dung quy trỡnh kiểm toỏn khụng cũn phự hợp với nghiệp vụ
quản lý thuế đó được thay đổi khi thực hiện Luật Hải quan, Luật Quản lý thuế,...trong đú, nội dung thay đổi cơ bản nhất đú là việc đổi mới phương thức quản lý từ quản lý tuõn thủ sang hỡnh thức quản lý tự tuõn thủ, tức là quản lý thuế dựa trờn cơ sở ỏp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro, dựa trờn cơ sở phõn tớch và
đỏnh giỏ thụng tin đểđưa ra quyết định hỡnh thức kiểm tra việc thực hiện đối với người nộp thuế. Chớnh vỡ vậy, rủi ro kiểm toỏn khụng chỉ tồn tại ở hồ sơ thuế lưu tại cơ quan quản lý thuế mà xuất hiện tiềm ẩn từ hoạt động và hồ sơ lưu tại đối tượng nộp thuế.
- Do quy trỡnh kiểm toỏn cũn thiếu cỏc hướng dẫn cụ thể, chủ yếu thực hiện loại hỡnh kiểm toỏn tuõn thủ; chưa sửa đổi, bổ sung cho phự hợp điều kiện