b. Tình hình nghiên cứu trong nước
3.3. Mô hình phân tích
Vùng trình tự DNA khảo sát trong nghiên cứu này là vùng mã hóa cho cytochrome b với khung đọc mã ổn định, những đặc điểm biến đổi là sự thay thế nucleotide. Quá trình thay thế nucleotide xảy ra rất phức tạp và thực tế không thể quan sát được nhưng có thể xây dựng các mô hình xác suất khả dĩ và ước lượng những biến đổi ghi nhận được để tìm ra mô hình gần với thực tế nhất.
Kết quả đối chiếu trình tự nucleotide (bảng 3.1) và đối chiếu trình tự amino axit (bảng 3.4) cho thấy sự biến đổi nucleotide ít dẫn tới sai khác amino axit. Vì thế nghiên cứu cần sử dụng trình tự nucleotide làm dữ liệu đầu vào. Kiểm định giả thuyết trung tính với đối thuyết là chọn lọc dương tính cho kết quả chọn lọc dương tính là không có ý nghĩa (với xác suất P = 1). Như vậy, chúng ta có thể loại bỏ vai trò của chọn lọc dương tính trên locus này. Tuy nhiên, các phép kiểm định cũng không loại bỏ được vai trò của chọn lọc tinh sạch trong toàn nhóm phân tích. Kiểm tra mô hình tiến hóa (với mức ý nghĩa 0,05) nhận thấy các trình tự chim yến nhà và một số trình tự chim yến đảo Bình Định (mẫu DBD2-4) không hoàn toàn đồng tiến hóa nên áp dụng giả thuyết đồng hồ phân tử ở đây cần hết sức thận trọng.
Giữa các trình tự có tỉ lệ đồng hoán/ dị hoán cao (R = 6,1) nên áp dụng mô hình phân tích 1 tham số của Jukes-Cantor sẽ đưa đến kết quả có nhiều sai
lệch so với quá trình tiến hóa thực. Các mô hình phân tích sử dụng nhiều tham số hơn như các mô hình của Kimura, Hasegawa, Tamura hay mô hình hồi biến toàn thời gian tỏ ra thích hợp hơn.
Kết quả khảo sát mô hình phân tích không lồng ghép theo tiêu chuẩn thông tin Akaike (Akaike, 1973) và kiểm tra hệ số xác suất phân cấp (với mức ý nghĩa 0,01) (Posada et Crandall, 1998; Abascal et al., 2005) [35] sử dụng kết hợp chương trình PAUP v4.0 (Swofford, 2002) [47] với Modeltest v3.7 (Posada, 2005) [37] và MrModeltest v2.3 (Nylander, 2008) [32] cho thấy mô hình thay thế nucleotide phù hợp nhất là HKY với phân bố đồng đều (-lnL = 952.5071, K = 4, Base frequencies: freqA = 0.2710, freqC = 0.3549, freqG = 0.1365, freqT = 0.2377, Substitution model: Ti/tv ratio = 6.1080) (Hasegawa et al., 1985). Các phép kiểm tra cũng xác nhận một mô hình khác phù hợp cho phân tích dữ liệu đầu vào trong nghiên cứu này là K81uf với phân bố đồng đều (-lnL = 950.2323, K = 5, AIC = 1910.4646, Base frequencies: freqA = 0.2712, freqC = 0.3553, freqG = 0.1362, freqT = 0.2373, Substitution model: Rate matrix R(a) [A-C] = 1.0000, R(b) [A-G] = 39811641344.0000, R(c) [A- T] = 7036001792.0000, R(d) [C-G] = 7036001792.0000, R(e) [C-T] = 39811641344.0000, R(f) [G-T] = 1.0000) (Kimura et al., 1981).