b. Tình hình nghiên cứu trong nước
2.2.3. Phân tích kết quả
Trình tự DNA thu được sẽ được hiệu chỉnh, đối chiếu với các trình tự tương đồng trên ngân hàng trình tự DNA (Genbank) bằng công cụ trực tuyến là BLAST.
Các trình tự DNA chính xác được so sánh bằng chương trình ClustalX v1.81 (Thompson et al., 1997) [54].
Các trình tự DNA sẽ được khảo sát phân bố nucleotide, kiểm tra các giả thuyết và thử mô hình tiến hóa. Kết quả khảo sát sẽ được sử dụng làm tham số đầu vào để tính toán ma trận khoảng cách di truyền và xây dựng cây phát sinh chủng loại theo các phương pháp: Tiến hóa tối thiểu (ME), Tiết kiệm tối đa (MP), Xác suất tối đa (ML) và Suy luận Bayes (BI). Đây là đại diện điển hình cho các phương pháp phân tích tiến hóa được ứng dụng rộng rãi.
Phương pháp ME dựa trên ma trận khoảng cách di truyền chuyển đổi, là một trường hợp đặc biệt của phương pháp Neighbor Joinning (NJ) (Saitou and Nei, 1987) với việc kiểm tra đầy đủ ở tất cả các bước tính toán để đưa ra cây hình học gọn nhất. Phương pháp MP thực hiện việc phân tích trên các đặc điểm có giá trị phát sinh với tiêu chuẩn là số bước biến đổi tối giản. Phương pháp ML tìm kiếm cây phát sinh có xác suất cao nhất. Phương pháp BI tiến hành phân tích Monte Carlo chuỗi Markov.
Các phương pháp này đều có ưu điểm và hạn chế riêng. Phương pháp ME thực hiện đơn giản hóa việc tính toán nhưng cũng làm mất dữ liệu phân tích; phương pháp MP, ML, BI sử dụng đầy đủ dữ liệu đầu vào nhưng lại yêu cầu năng lực xử lý mạnh và thực tế khó bao quát được mọi khả năng với khối lượng dữ liệu lớn. Do đó, tiến hành phân tích song song theo các phương
pháp này sẽ giúp so sánh, kiểm chứng kết quả và có được đánh giá toàn diện nhất.
Ngoài ra ở mỗi phương pháp có thể thực hiện các phép kiểm tra để đánh giá độ tin cậy của kết quả phân tích. Trong các phương pháp kiểm tra thì bootstrapping và jackknifing là các phương pháp kiểm tra dựa trên việc lấy lại mẫu thường được sử dụng hơn cả bởi hiệu quả mà nó mang lại, giá trị kiểm tra này phản ánh sự phân tán hay tập trung của dữ liệu khảo sát (Lanyon, 1987) [25].
Tất cả các quy trình tính toán, thống kê, phân tích và kiểm tra này được thực hiện bằng các chương trình phần mềm MEGA v4.0 (Tamura et al., 2007) [48], PAUP v4.0 (Swofford, 2002) [47], MrBayes v3.1.2 (Ronquist và Huelsenbeck, 2003) [41], Modeltest v3.7 (Posada, 2005) [37] và MrModeltest v2.3 (Nylander, 2008) [32].
PHẦN III: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN