Với phương châm phòng bệnh hơn chữa bệnh, việc phòng bệnh cho trâu bò luôn là vấn đề được đặt lên hàng đầu đối với mọi cơ sở chăn nuôi trâu bò, nhằm hạn chế đến mức thấp nhất sự xâm nhập của mầm bệnh vào cơ thể, đồng thời ngăn chặn những thiệt hại do bệnh gây ra.
* Phòng bệnh bằng các biện pháp quản lý và chăm sóc nuôi dưỡng
Biện pháp phòng bệnh tiêu chảy ở gia súc nói chung trước hết là hạn chế, loại trừ các yếu tố stress tác động lên cơ thể. Khắc phục những bất lợi về điều kiện thời tiết, khí hậu (giữ môi trường tiểu khí hậu ở chuồng nuôi luôn ấm áp về mùa đông, thoáng mát về mùa hè, tránh hiện tượng mưa tạt, gió lùa, hạn chế độ ẩm...) để tránh rối loạn tiêu hóa, ổn định trạng thái cân bằng giữa cơ thể và môi trường. Giữ vệ sinh chuồng nuôi, hạn chế khí độc do phân rác sản sinh ra và loại trừ mầm bệnh tồn tại trong chất thải. Theo quan điểm của miễn dịch học: khi cơ thể gia súc non bị nhiễm lạnh kéo dài sẽ làm giảm phản ứng miễn dịch, giảm số lượng bạch cầu, giảm tác dụng thực bào, do đó gia súc non dễ bị vi khuẩn tấn công do sức đề kháng suy giảm.
Đối với bê nghé, khi sinh ra nhất thiết phải được bú sữa đầu của gia súc mẹ càng sớm càng tốt, bú vài lần trong ngày đầu tiên. Không có kháng thể bảo vệ thụ động này, gia súc non rất dễ mẫn cảm với các vi sinh vật gây tiêu chảy đặc biệt là E. coli và một số virus.
* Phòng tiêu chảy bằng biện pháp dùng một số chế phẩm sinh học
Các chế phẩm được sản xuất và sử dụng rộng rãi như: Coliphylus được chiết từ những chủng vi khuẩn E.coli gây bệnh kết hợp với Lactobacillus, chế phẩm Biolactyl được chế từ Bacillus acidophylus, Streptococcus lactic bacillus vulgaricus hoặc các chế phẩm Coloten, Tetralactyl. Một số chế phẩm của Nhật như: Biofermin được chế từ các chủng Streptococcus faecalis - Actobacillus Bacidophylus - Bacillus subtitis, thường dùng chế phẩm
Polybacterin... các chế phẩm sinh học trên hiện đã và đang được dùng rộng rãi trong phòng bệnh tiêu chảy cho vật nuôi và đã thu được nhiều kết quả khả quan.
Để phòng bệnh giun sán, từ đó hạn chế tác động gây bệnh của giun sán, Nguyễn Thị Kim Lan và cs (2008) cho biết, ủ phân theo phương pháp sinh học, lợi dụng hệ vi sinh vật lên men sinh nhiệt các chất hữu cơ trong phân để tiêu diệt trứng giun sán, trong đó có trứng sán lá gan trong phân trâu bò sẽ hạn chế được trâu bò tiêu chảy và thiếu máu.
* Phòng tiêu chảy bằng cách tẩy ký sinh trùng
Ký sinh trùng là một trong những nguyên nhân gây tiêu chảy ở gia súc. Bê nghé thường bị bệnh phân trắng do giun đũa Neoascaris vitulorum, trâu bò trưởng thành thường hay bị tiêu chảy khi mắc bệnh sán lá gan…Vì vậy, áp dụng những biện pháp phòng trị bệnh ký sinh trùng cũng là một trong những biện pháp phòng tiêu chảy ở gia súc.
Theo Phạm Văn Khuê và cs (1996), hàng năm nên tẩy sán lá cho toàn đàn ít nhất 2 lần, lần đầu vào mùa xuân (trước mùa vật chủ trung gian phát triển), lần thứ hai vào cuối mùa thu nhằm diệt những sán lá đã nhiễm trong vụ Xuân - Hè, ngăn ngừa bệnh phát ra ở mùa đông. Trên những đồng cỏ có căn bệnh tiềm tàng, có thể tiến hành chăn dắt luân phiên.