Để việc điều trị đạt hiệu quả cao thì việc chẩn đoán tìm ra nguyên nhân gây tiêu chảy rất quan trọng. Chẩn đoán một bệnh chính xác là rất khó khăn, song để chẩn đoán chính xác được nguyên nhân gây ra hội chứng tiêu chảy càng khó khăn hơn. Do vậy, khi chẩn đoán hội chứng tiêu chảy cần phải chú ý xem xét rất nhiều yếu tố: đặc điểm dịch tễ, biểu hiện lâm sàng và phi lâm sàng, kết quả mổ khám, các phương pháp chẩn đoán trong phòng thí nghiệm. Đối với những bệnh nghi do ký sinh trùng, người ta thường dùng phương pháp chẩn đoán xét nghiệm phân để tìm trứng giun sán; đối với bệnh do vi khuẩn phải nuôi cấy trên các môi trường để phân lập và giám định vi khuẩn...
Ở thể cấp tính, con vật chết rất nhanh, chẩn đoán bệnh cần căn cứ các yếu tố liên quan như: thức ăn, nước uống, phương thức chăn nuôi, chế độ chăm sóc nuôi dưỡng, thời tiết khí hậu, tuổi bê nghé... Ví dụ bệnh ký sinh trùng thường phát triển trong những tháng nóng ẩm, mưa nhiều. Bệnh cầu trùng bê nghé, khi thời tiết nóng ẩm, cho noãn nang cầu trùng dễ phát triển đến giai đoạn cảm nhiễm ngay trên nền chuồng và bãi chăn thả. Người ta cũng quan sát thấy bê nghé thường phát bệnh khi thời tiết thay đổi từ ấm áp sang lạnh ẩm. Thiếu thức ăn cũng làm cho bê nghé giảm sức đề kháng. Đối với bệnh giun đũa, thường mắc ở bê nghé sơ sinh đến 3 tháng tuổi (23 - 64%), đến 4 tháng tuổi thì không bị nhiễm (Phạm Sỹ Lăng và Lê Văn Tạo, 2002).
Nhiều tác giả lưu ý rằng, khi chẩn đoán bê nghé mắc tiêu chảy dựa vào đặc điểm dịch tễ thì tuỳ từng điều kiện cụ thể mà loại trừ bớt khả năng gây bệnh, để có kết luận ban đầu về nguyên nhân gây bệnh.
Biện pháp thường dùng nữa là căn cứ vào biểu hiện lâm sàng để chẩn đoán, nhưng cần phải chẩn đoán phân biệt giữa các bệnh có triệu chứng tiêu chảy để loại trừ nguyên nhân nghi ngờ và tìm ra nguyên nhân chính. Dù là nguyên nhân gì dẫn đến tiêu chảy thì bê nghé đều biểu hiện bằng triệu chứng ỉa chảy, phân lỏng hoặc toàn nước. Do tiêu chảy mất nước nên bê nghé gầy còm, ốm yếu, da nhăn, lông xù, niêm mạc nhợt nhạt. Nếu ỉa chảy kéo dài, con vật suy nhược hoàn toàn, run rẩy, đứng không vững. Tiêu chảy nặng có thể dẫn đến trụy tim mạch và chết. Nếu nguyên phát là do vi khuẩn, độc chất hoặc vi rút, rồi kế phát nhiễm khuẩn sẽ làm thân nhiệt tăng từ 0,5 - 1,5oC tuỳ theo mức độ nhiễm khuẩn. Tiêu chảy do độc tố, chất độc, thời tiết, thay đổi thức ăn thì nhiệt độ cơ thể không tăng. Màu phân có thể thay đổi tuỳ thuộc nguyên nhân gây bệnh. Ví dụ, bê nghé sơ sinh bị nhiễm giun đũa thường phân có màu trắng, nếu bị nhiễm Salmonella thì phân có màu vàng, bê nghé nhiễm cầu trùng có thể triệu chứng lâm sàng điển hình là ỉa lỏng, phân nhày, có máu tươi (lỵ đỏ). Bê nghé sơ sinh bị tiêu chảy nếu không điều trị kịp thời có thể bị chết trong vòng 12 - 96 giờ, tỷ lệ chết có thể chiếm tới 90% trong số mắc bệnh.
Biện pháp mổ khám xác chết để tìm bệnh tích điển hình là phương pháp chẩn đoán có hiệu quả, nhất là trong bệnh giun sán. Mổ khám tìm thấy giun sán ký sinh với số lượng nhiều và gây bệnh tích nặng ở đường tiêu hoá thì có thể kết luận là bê nghé chết do bệnh ký sinh trùng đường tiêu hoá.Tuy nhiên, một biện pháp hữu hiệu cần thực hiện là chẩn đoán trong phòng thí nghiệm. Thu thập mẫu phân bê nghé mới thải ra về phòng thí nghiệm để xét nghiệm trứng giun sán hoặc cầu trùng bằng phương pháp lắng cặn Benedek (1943), các phương pháp phù nổi (Fulleborn, Darling...).Từ các bệnh phẩm của bê nghé tiêu chảy (phân, ruột non, ruột già...) có thể nuôi cấy, phân lập vi khuẩn, giám định các đặc tính sinh hoá, tiêm truyền động vật thí nghiệm... là phương pháp vi sinh vật vẫn thường được áp dụng trong chẩn đoán bệnh, trong đó có hội chứng tiêu chảy.