Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn tỉnh Cần thơ (Nay là NHNN&PTNT Thành phố Cần thơ) là chi nhánh của NHNN&PTNT Việt Nam được ban hành theo Quyết định số 30/QĐ-NHNN ngày 29/11/1992 do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ký.
NHNN&PTNT Tỉnh Cần thơ lúc đầu thành lập gồm có các chi nhánh: Thành phố Cần thơ, Châu Thành, Ô Môn, Phụng Hiệp, Thốt Nốt, Vị Thanh và Long Mỹ. Nhưng do sự phát triển kinh tế mạnh mẽ của cả nước nói chung và của Tỉnh Cần thơ nói riêng, để đáp ứng nhu cầu về vốn ngày càng tăng của khách hàng và để phù hợp với việc quản lý theo địa bàn hành chính của tỉnh Cần thơ, kể từ ngày 02/05/1997 NHNN&PTNT thành phố Cần thơ ( NHNN&PTNT Quận Ninh Kiều cũ ) được tách riêng, hoạt động phụ thuộc NHNN&PTNT Tỉnh Cần
thơ theo Quyết định số 57/QĐ-NHNN 02 ngày 03/02/1997 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHNN&PTNT Việt Nam
Cũng như các Ngân hàng thương mại khác trên địa bàn, NHNN&PTNT quận Ninh Kiều có trụ sở đặt tại số 8 –10 đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa, TP Cần thơ đóng vai trò trung gian thu hút và tài trợ vốn cho sản xuất và tiêu dùng. Với quy mô hoạt động ngày càng lớn, cùng với xu hướng đa dạng hóa đối tượng và lĩnh vực cho vay, Ngân hàng còn cung cấp vốn cho các khách hàng hoạt động trong các lĩnh vực thương mại, dịch vụ, sản xuất khác….Các tiện ích dịch vụ khác của Ngân hàng đòi hỏi công nghệ cao cũng được quan tâm phát triển như: dịch vụ chuyển tiền nhanh, dịch vụ thẻ ATM, Visa Banknet, dịch vụ Mobile Banking, dịch vụ gửi tiền nhiều nơi, rút tiền nhiều nơi….
Nhận thấy tiềm năng phát triển của thành phố Cần thơ còn rất lớn, và để đáp ứng được với quy mô, tiềm lực, phát triển thương hiệu, có khả năng cạnh tranh với các Ngân hàng thương mại khác trên địa bàn, NHNN&PTNT Quận Ninh kiều được nâng cấp thành chi nhánh cấp I phụ thuộc NHNN&PTNT Việt Nam theo Quyết định 956/QĐ/HĐQT-TCCB ngày 12/09/2007 của Chủ tịch Hội đồng quản trị NHNN&PTNT Việt Nam với tên gọi là NHNN&PTNT chi nhánh Ninh Kiều.
Từ khi tách ra hoạt động độc lập với xuất phát điểm còn thấp như cơ sở vật chất, mạng lưới tổ chức, nhưng với sự cố gắng vươn lên của tập thể công nhân viên chi nhánh đã huy động được nhiều nguồn vốn từ các tổ chức và cá nhân, mở rộng hoạt động tín dụng đạt hiệu quả cao trong kinh doanh, đa dạng hóa các loại hình dịch vụ, nâng cao chất lượng sản phẩm dịch vụ truyền thống đi đôi với phát triển sản phẩm dịch vụ mới, hiện đại góp phần vào sự phát triển ổn định của toàn hệ thống cũng như khẳng định vị trí, uy tín của mình trên địa bàn, chứng tỏ là chỗ dựa vững chắc và đáng tin cậy cho khách hàng.