S d ng ph n m m IDT phân tích thông s v t lý c a c p m i APC-MF, APC-MR và APC-UF, APC-UR, k t qu đ c th hi n trong b ng sau:
B ng 3.2.3. Kh o sát các thông s v t lý c a m i APC-MF, APC-MR và APC-UF, APC-UR. APC-UF, APC-UR. Tên m i Trình t (5'-3') Chi u dài % GC Tm (oC) (1) (2) (3) APC-MF TATTGCGGAGTGC GGGTC 18 61,1 57,8 -1,3 -3,61 -9,75 APC-MR TCGACGAACTCCC GACGA 18 61,1 58,2 -1,9 -6,76 APC-UF GTGTTTTATTGTG GAGTGTGGGTT 24 41,7 55,9 2.15 -1,47 -8,09 APC-UR CCAATCAACAAA CTCCCAACAA 22 40,9 54,0 2.15 -1,47
Báo cáo KLTN- Ph m Th Th ng Trang 38 Chú thích: (1) C u trúc k p tóc G (kcal/mole), (2) C u trúc homo dimer G (kcal/mole), (3) C u trúc hetero dimer G (kcal/mole).
T k t qu phân tích 2 c p m i trên, chúng tôi nh n th y các thông s v t lý nh : chi u dài, %GC và Tm c a các m i đ u phù h p. Giá tr tuy t đ i c a G (giá tr n ng l ng t do hình thành các c u trúc th c p: c u trúc k p tóc, c u trúc t b t c p...) đ u nh 9, phù h p v i h ng d n c a hãng IDT. Tóm l i, t các k t qu kh o sát đ c tính, đ đ c hi u c a m i đư thu nh n chúng tôi quy t đnh ch n b m i này cho ph n ng MSP đ kh o sát s methyl hóa các gen APC.
Hình 3.2.2: C u trúc vùng promoter gen APC
C p m i methyl C p m i unmethyl
Báo cáo KLTN- Ph m Th Th ng Trang 39
Hình 3.2.3.: V trí CpG và trình t nh n bi t c a các nhân t phiên mã trên vùng promoter c a gen APC.
Chú thích: o CpG đ c gi i h n b ng màu đ . Các c p dinucleotide CG
đ c bôi màu xanh. V trí kh i đ u phiên mã +1 đ c đánh d u b ng màu h ng. Các trình t liên k t v i nhân t phiên mã quan tr ng đ c đóng khung. Trình t
b t c p c a m i đ c g ch d i.
III.3. K t qu kh o sát th c nghi m III.3.1. K t qu tách chi t DNA