Một vài nghiên cứu đã chỉ ra có nhiều mối liên quan giữa thể viêm ít khớp/viêm đa khớp và các gen HLA [10-12]. VKTPTN thể ít khớp có mối
liên quan hằng định với các gen HLA. Đó là mối liên quan với HLA-A2, HLA-DRB1 * 11 (một subtype của HLA-DR5) và HLA- DRB1 * 08. Tuy nhiên, HLA-DRB1 * 04 và HLA-DRB1 * 07 thì ít hơn. VKTPTN thể đa khớp được báo cáo là có liên quan với HLA-DR4. Liên kết di truyền với HLA của các thể lâm sàng này cho thấy đây một bệnh của hệ miễn dịch mắc phải.
Hình 5. Phân biệt cơ chế bệnh sinh của VKTPTN thể ít khớp/ thể đa khớp với VKTPTN thể hệ thống .
Bệnh VKTPTN thể ít khớp/thể đa khớp là một bệnh tự miễn gây ra do đáp ứng miễn dịch qua trung gian của tế bào lympho khởi nguồn từ một
kháng nguyên, và có bất thường của hệ thống miễn dịch mắc phải. Các tự kháng nguyên có nguồn gốc từ sụn hoạt hóa các tế bào T tự phản ứng bao gồm các tế bào Th1 và tế bào TH17 sản xuất các cytokin tiền viêm IFN-γ và IL-17. Mặt khác, sự ức chế của các tế bào T điều hòa (Treg) bao gồm tế bào điều hòa Treg Foxp3 + tự nhiên và các tế bào T điều hòa gây ra bởi các tự protein sốc nóng (HSP) làm giảm các cytokin chống viêm IL-10 gây hậu quả là mất dung nạp miễn dịch. Mất cân bằng giữa các tế bào tự phản ứng Th1/Th17 và các tế bào T điều hòa Treg dẫn đến mất khả năng dung nạp của tế bào T với các tự kháng nguyên, gây tình trạng viêm bao hoạt dịch của bệnh nhân viêm khớp thể ít khớp và viêm khớp thể đa khớp.
Ngược lại, VKTPTN thể hệ thống là một bệnh tự viêm với bất thường củahệ thống miễn dịch tự nhiên. Mất kiểm soát của con đường bài tiết thay thế dẫn đến sự hoạt hóa khác thường của các tế bào thực bào bao gồm các tế bào đơn nhân, đại thực bào, bạch cầu trung tính và dường như tham gia vào việc giải phóng các cytokin tiền viêm IL-1, IL-6, IL-18 và protein tiền viêm S100, gây ra tổn thương đa cơ quan của VKTPTN thể hệ thống.
