Về công tác tổ chức hạch toán:
Việc hạch toán các nghiệp vụ ở Công ty đôi khi còn diễn ra chậm so với ngày hóa đơn về. Ví dụ: hóa đơn đã về đến nơi nhưng kế toán trong đơn vị vẫn chưa hạch toán vào sổ chi tiết điều đó làm Công ty gặp khó khăn trong việc tổng hợp báo cáo cuối tháng, cuối quý. Việc hạch toán tại Công ty còn lỏng lẻo, cần củng cố them. Các tài khoản sử dụng có phần đơn giản, có thể chi tiết thêm một số tài khoản, ví dụ như: đối với từng nhóm thuốc, ta có thể chi tiết thành các tài khoản nhỏ, thuận tiện trong việc hạch toán từng nhóm hàng.
Công ty vẫn chưa chú trọng đến việc lập dự phòng các khoản phải thu khó đòi, cũng như việc dự phòng giảm giá hàng tồn kho.
Công ty vẫn sử dụng phương pháp hạch toán bằng thủ công, chưa có phần mềm hỗ trợ, việc này làm cho công việc của kế toán viên trở lên nhiều hơn và thiếu chính xác hơn.
Về công tác kiểm tra
Công tác kiểm kê tiền mặt của Công ty được tiến hành vào cuối mỗi quý, mỗi năm tài chính nên việc kiểm tra, điều chỉnh, khắc phục sai sót còn chưa kịp thời. Hơn nữa, việc kiểm tra như vậy sẽ làm cho khả năng xảy ra sai phạm trong khoảng thời gian không bị kiểm tra cao, như thủ quỹ có thể lợi dụng trong thời gian đó để dùng tiền để đầu tư vào các khoản sinh lời khác, đem lại lợi nhuận riêng cho cá nhân.
Công tác kiểm tra hàng tồn kho, hàng hóa mua về chưa thực sự sát sao. Việc kiểm tra tuy được làm đúng quy trình kiểm tra chung của Công ty,
nhưng vẫn còn tồn tại việc kiểm tra chỉ chú ý đến số lượng hàng nhập về mà quên mất việc kiểm tra chất lượng sản phẩm và hạn sử dụng còn không được chú ý, mà đây là công việc rất quan trọng, nhất là khi Công ty kinh doanh mặt hàng dược phẩm có ảnh hưởng đến sức khỏe của người dùng.
Về công tác ghi sổ
Việc ghi chép vào sổ kế toán nhiều chỗ còn sửa chữa chưa đúng quy định. Ví dụ : khi gạch đường thẳng vào chỗ sai, ghi số đúng lên phía trên có chỗ chưa có chữ ký của kế toán trưởng.
Việc ghi chép sổ kế toán ở công ty vẫn thực hiện hoàn toàn bằng thủ công, điều này làm cho công việc kế toán trở nên nhiều hơn và khó chính xác hơn.
Về công tác thu hồi nợ
Công tác thu hồi công nợ trong quá trình bán hàng hóa ở Công ty còn chậm gây khó khăn cho việc quay vòng vốn. Ngoài ra số tiền cán bộ công nhân viên tạm ứng còn quá nhiều nên việc hoàn ứng còn chậm trễ.