-Xây dựng mô hình hoạt động, bộ máy tổ chức hoàn chỉnh theo hướng quản lý, làm thủ tục tập trung: Cục thông quan điện tử tập trung, khu vực kiểm tra tập trung, các cửa khẩu sau này chỉ làm chức năng giám sát…phù hợp với chuẩn mực của hải quan hiện đại trong khu vực và trên thế giới.
-Chỉnh sửa lại một số quy định nghiệp vụ, phần mềm chương trình, đẩy mạnh hoạt động xây dựng cơ sở dữ liệu quản lý rủi ro, khả năng phân tích thông tin trong thủ tục hải quan điện tử, ưu tiên phân luồng và quản lý rủi ro dựa trên quá trình chấp hành pháp luật của doanh nghiệp… nhằm nâng cao tính công bằng, minh bạch, hấp dẫn doanh nghiệp tham gia làm thủ tục hải quan điện tử.
-Phát triển cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin, nâng cấp mạng đường truyền, máy chủ, máy trạm, đảm bảo hoạt động cho tất cả các điểm kiểm tra, giám sát ... nhằm giảm thiểu rủi ro trong hoạt động thông quan điện tử. Đầu tư xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật, tạo điều kiện thuân lợi cho hoạt động của cán bộ hải quan khi khối lượng công việc ngày càng tăng. Hiện nay, Cục đã tiến hành động thổ, tổ chức khởi công công trình toà nhà trụ sở Cục 15 tầng; đang hoàn tất các thủ tục để bàn giao hạ tầng cho Nhật Bản lắp máy soi Container. Đáp ứng yêu cầu xây dựng Cục Hải quan điện tử vào năm 2012.
-Đào tạo nguồn nhân lực, phát triển nhân tố con người là yếu tố cơ bản thúc đẩy sự phát triển, đổi mới ngành hải quan. Thường xuyên đào tạo, bồi
dưỡng, nâng cao trình độ cho cán bộ công chức hải quan. Tiến hành kiểm tra thường xuyên trình độ của các cán bộ trên cơ sở các yêu cầu về thực hiện mô