HAEMOPHILUS INFLUENZAE
2.1.3.Sử dụng trong nghiên cứu dịch tễ học phân tử của các chủng Haemophilus influenzae gây ra các bệnh nhiễm trùng
Haemophilus influenzae gây ra các bệnh nhiễm trùng
PFGE là kỹ thuật được đánh giá là công cụ hữu ích được sử dụng trong nghiên cứu dịch tễ học phõn tử của các loài vi khuẩn [32], [34], [36]. Đối với vi khuẩn Haemophilus influenzae, hiện nay đã có nhiều nghiên cứu về dịch tễ học phõn tử ở nhiều khớa cạnh khác nhau. Cụ thể, nghiên cứu dịch tễ học phõn tử của các chủng Haemophilus influenzae được phõn lập từ vùng hầu họng trẻ khoẻ mạnh tại các nhà trẻ hoặc trại trẻ mồ côi [27], những chủng
[12] hay những chủng Haemophilus influenzae typ b phõn lập được từ những bệnh nhi viêm màng nóo mủ [21]. Tất cả những nghiên cứu này đều dựa trên sự phõn loại genotype của Haemophilus influenzae theo kỹ thuật PFGE kết hợp với đối tượng và địa điểm nghiên cứu để đánh giá về mặt dịch tễ học [12], [22], [27].
2.2. Kỹ thuật PCR – RFLP
Kỹ thuật PCR – RFLP được sử dụng trong nghiên cứu những chủng
Haemophilus influenzae dựa trên phõn tớch RFLP các đoạn gen đặc hiệu
thường dùng với mục đích phõn loại, xác định liên quan giữa các chủng vi khuẩn phõn lập được [4], [6], [9]. Cụ thể, những gen thường được phõn tích là:
- Gen quy định tổng hợp pili (pilin gene: pil), nghiên cứu của Tendai Mhlanga và cộng sự cho thấy cấu trúc gen tổng hợp pili (hif) của các chủng
Haemophilus influenzae tương tự với đoạn gen độc lực, nó có khả năng
truyền ngang (Horizontal gene transfer) giữa các loài vi khuẩn (Pathogenicity island) [4]. Gen này được xem là có thể có sự liên quan đến sự định cư cũng như khả năng gõy bệnh của vi khuẩn Haemophilus influenzae [3]. Ngoài ra, cũng dựa vào kỹ thuật PCR–RFLP phõn tích gen hif các chủng Haemophilus
influenzae được chia ra thành nhiều genotyp khác nhau và đánh giá mối liên
quan giữa các genotyp [3]. Nghiên cứu khác của Kirk W. Mc Crea và cộng sự xác định mối liên quan về cấu trúc và miễn dịch của các tiểu phần cấu trúc nên pili giữa các chủng vi khuẩn Haemophilus influenzae phõn lập được. Hai gen tổng hợp protein HifD và HifE được phõn tích, kết quả cho thấy trình tự nucleotid của hai gen HifD và HifE tương tự nhau giữa các chủng Hib, nhưng có sự thay đổi (khác nhau) rất nhiều giữa các chủng không định typ huyết thanh [4], [21].
- Gen quy định tổng hợp protein P1 (Outer Membrane Protein 1 Gene) [6], nghiên cứu của Robyn B. Reed và cộng sự về Haemophilus influenzae nhúm sinh học aegyptius bằng kỹ thuật PCR–RFLP cho thấy kỹ thuật này có khả năng phõn loại có độ chớnh xác khi nghiên cứu các chủng độc lực liên quan đến bệnh sốt xuất huyết Brazil (Brazilian Purpuric Fever: BPF). Ngoài ra, nghiên cứu cũn cho thấy mối liên quan rất chặt chẽ giữa đặc điểm độc lực với các mẫu ADN dưới sự phõn tích bởi enzym đặc hiệu Alw1. Nghiên cứu cũng đã đưa ra nền tảng cho việc xác định một cách chớnh xác và thuận tiện các chủng Haemophilus influenzae nhúm sinh học aegyptius gõy BPF bằng kỹ thuật PCR–RFLP [6].
- Đoạn ADN mã hóa cho yếu tố 16S ribosom [8], đõy là đoạn ADN có độ bảo thủ cao nên kỹ thuật PCR – RFLP hiện nay thường được sử dụng trong chẩn đoán căn nguyên vi khuẩn gõy viêm màng nóo mủ với enzym giới hạn là HaeIII. Kết quả cho thấy Haemophilus influenzae sau khi phõn tích bằng PCR – RFLP cho một mẫu duy nhất với các băng có kích thước 380bp, 270bp, 175bp và 135bp [7].