Bên cạnh những thành tựu đạt được, Ngân hàng cón gặp phải một số hạn chế cụ thể sau:
Tỷ lệ nợ xấu có sự đã giảm mạnh qua hai năm nhưng nhìn chung còn khá cao so với toàn ngành
Tỷ lệ nợ nhóm 5 đang có xu hướng tăng lên đẩy Ngân hàng vào nguy cơ mất vốn cao.
Nợ quá hạn vẫn còn chiếm tỷ trọng khá lớn trên tổng dư nợ cho vay, nếu không có những biện pháp dự phòng , xử lý và theo dõi sát xao sẽ dễ chuyển sang nợ xấu, đẩy tỷ lệ nợ xấu tăng lên trong thời gian tới.
Tỷ lệ nợ xấu khu vực các doanh nghiệp quốc doanh vẫn chiếm tỷ trọng cao nhất, trong khi đó, dư nợ ở khu vực này cũng là lớn nhất, do đó rủi ro tín dụng về mất vốn của SHB luôn là mối lo thường trực với ban điều hành.
Vấn đề tương quan giữa nguồn vốn huy động và tổng dư nợ có xu hướng tăng, nhưng nhìn chung là ngân hàng chưa khai thác hết được nguồn vốn huy động của mình còn để dư thừa vốn trong ngân hàng khá cao .Do đó, ngân hàng phải luôn có chính sách phù hợp để nâng cao hiệu quả sử dụng vốn của mình.
Trong hoạt động tín dụng vẫn còn để xảy ra tình trạng khách hàng phàn nàn về nhiều mặt như chất lượng sản phẩm tín dụng so với ngân hàng khác, thời gian xét duyệt còn lâu, trình độ chuyên môn của cán bộ quản lý khách hàng
Các sản phẩm của BIDV đôi lúc còn chưa đồng bộ và phù hợp với tình hình thực tế phải thường xuyên thay đổi và ban hành các sản phẩm mới.