Kể từ ngày lập quan hệ ngoại giao với Việt Nam 21/9/1973, cho đến năm 1991, Nhật Bản mới quyết định mở lại viện trợ cho Việt Nam.
Quan hệ thương mại Việt - Nhật đã có những bước phát triển khá tốt đẹp trong thời kỳ 1991 – 2001. Nhật Bản ủng hộ đường lối đổi mới của Việt Nam, hỗ trợ Việt Nam hội nhập khu vực và thế giới (vào APEC, WTO, ASEM, ARF, vận động OECD giúp Việt Nam về kỹ thuật...).
Tổng số vốn ODA của Nhật Bản viện trợ cho Việt Nam từ năm 1991đến 2004 là 1.108,1 tỷ yên (trong đó vốn vay: 967 tỷ yên; viện trợ không hoàn lại 81,1 tỷ yên; hợp tác kỹ thuật 60 tỷ yên). Năm 2005, vốn ODA của Nhật Bản tài trợ cho Việt Nam là 835,6 triệu USD trong tổng số vốn ODA 3,747 tỷ USD của các nhà tài trợ, nguồn hỗ trợ quốc tế đã cam kết dành cho Việt Nam. Năm 2006, ODA của Nhật Bản tiếp tục tập trung vào hỗ trợ cải thiện các điều kiện hạ tầng ở Việt Nam. Chính phủ Nhật Bản và Việt Nam đã đồng ý triển khai giai đoạn hai Sáng kiến chung, trong đó chú ý đến những vấn đề liên quan đến vốn đầu tư trực tiếp (FDI) và thời gian thực hiện có thể kéo dài thêm hai năm nữa.
Trưởng đại diện Văn phòng Xúc tiến Thương mại Nhật Bản (JETRO) tại Hà Nội, ông Kenjiro Ishiwata cho biết có năm lý do để các doanh nghiệp Nhật Bản tăng đầu tư và mở rộng hoạt động kinh doanh tại Việt Nam, đó là vị trí địa lý (kết nối hai thị trường lớn Trung Quốc và ASEAN), ổn định chính trị, lương nhân công thấp (mức lương hấp dẫn), lao động cần cù, và Việt Nam rất có thiện cảm với Nhật Bản. Vốn đầu tư trực tiếp (FDI) của Nhật Bản vào Việt Nam đã tăng mạnh cả về các dự án cấp phép mới cũng như các dự án tăng vốn kể từ nửa cuối năm 2004.
Theo JETRO, trong 10 tháng đầu năm 2005 đã có 77 dự án FDI mới của Nhật Bản được cấp phép với tổng vốn đầu tư là 259,6 triệu USD. Nhật Bản là nước đứng thứ 5 trong số các nhà đầu tư vào Việt Nam, chiếm hơn 9% tổng số vốn cấp phép mới. Bên cạnh đó, 73 doanh nghiệp Nhật Bản tại Việt nam cũng đã mở rộng hoạt động của mình với tổng số vốn bổ sung là 409 triệu USD. Hay nói cách khác, Nhật Bản chiếm hơn 24% tổng số vốn bổ sung ở Việt Nam trong thời gian này.
Đối với nghề cá Việt Nam, viện trợ của Nhật Bản sẽ được sử dụng ưu tiên cho 14 dự án trong giai đoạn 2006 – 2010.
Các dự án trên hướng tập trung vào phát triển nuôi trồng thuỷ sản, đánh giá, tăng cường thể chế quản lý vùng ven biển và cải thiện đời sống vùng ven biển
miền Trung, phục vụ xoá đói giảm nghèo, tăng cường năng lực quản lý chất lượng và thú y thuỷ sản. Trong dự án phát triển nuôi trồng thuỷ sản còn đầu tư vào xây dựng 3 chợ cá quy mô lớn. Ngoài ra các dự án còn đặc biệt chú trọng đến việc điều chỉnh cơ cấu khai thác ven biển, góp phần tái tạo nguồn lợi, quản lý môi trường, nâng cao năng lực khai thác và quản lý nghề cá xa bờ...
Về mậu dịch Nhật Bản là bạn hàng số 1 của Việt Nam. Kim ngạch 2 chiều năm 2003 đạt 5,9 tỷ USD. Hai nước đã dành cho nhau thuế suất tối huệ quốc từ năm 1999.