PHÂN TÍCH SỰ ĐA DẠNG VỀ TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE VÀ

Một phần của tài liệu Nghiên cứu đặc điểm của Gen Defensin phân lập từ cây đậu xanh (Vigna radiata L. Wilczek) (Trang 47)

3. Nội dung nghiên cứu

3.3. PHÂN TÍCH SỰ ĐA DẠNG VỀ TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE VÀ

cDNA DEF1 gen DEF1 . T DEF1 (AY437639, (AY856095, AY856096) [54] 3.3). 3.3. DEF1 - DEF1 STT ên Quốc tế Năm 1 VN6 2014 Cuong PH., et al.

2 AY437639 2003 Chen,G.-H., et al.

3 AF326687 2005 Lin,C.-Y., et al.

4 AY856095 2007 Baek,H.-J., et al.

5 AY856096 2007 Baek,H.-J., et al.

6 FJ591131 2009 Wang,P.W., et al.

DEF1

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

3.4 cDNA

DEF1

DEF1 (%).

bảng 3.4 cho thấy hệ số tƣơng đồng

DEF1 82,2% đến

100%. Trong đó có giống AY437639 và FJ591131 tƣơng đồng 100%.

Gen DEF1 xanh VN6 thấp nhất là 82,2% s

gen DEF1 đậu xanh có AY856096. Hệ số sai khác giữa 6 trình tự nucleotit đƣợc công bố trên ngân hàng gen Quốc tế cao nhất là 20,3 giữa giống đậu xanh địa phƣơng VN6 với giống AY856096. AY437639 và FJ591131 không sai khác. Ở mức độ nucleotide, hệ số sai khác giữa giống VN6 với AY437639 và FJ591131 là 2,3.

t defensin

của 6 g DEF1

2 nhóm chính: 4 giống đậu xanh VN6, AY856095, FJ591131, AY437639 và nhóm phụ 2 là giống đậu xanh AF326687. Nhóm II một giống AY856096

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

3.5.

DEF1

Hình 3.5, cho thấy mối quan hệ giữa 6 đậu xanh dựa trên trình tự nucleotide là khác nhau, giữa giống đậu xanh địa phƣơng VN6 với 3 đậu xanh trên ngân hàng gen Quốc tế (AY856095, FJ591131, AY437639) khoảng 1,5%, giống đậu xanh AF326687 có khoảng cách với 4 giống đậu xanh (VN6, AY856095, FJ591131, AY437639,) là 2%.

6

3.5 3.6.

Bảng 3.5. hệ số s nhau đậu xanh

DEF1 (%)

, hệ số tƣơng xanh là cao, dao

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/

DEF1 đã công bố trên Quốc tế 100%, thấp nhất là 69,9%, trong đó có các giống (AY437639, AY856095), giống (AY437639, FJ591131), giống (AY856095, FJ591131) có hệ số đồng dạng về trình tự amino acid là 100%. Sự sai khác amino acid giữa các đậu xanh (AY437639, AY856095), (AY437639, FJ591131) và (AY856095, FJ591131) là 0,0. Hệ số sai khác trình tự amino acid cao nhất giữa đậu xanh địa phƣơngVN6 với AY856096 công bố trên ngân hàng gen Quốc tế là 38,5%

3.6. DEF1. Sơ 3.6 6 trình tự cDNA DEF1 6 2 nhóm chính: Nhóm I phâ 2 nhóm phụ: nhóm phụ 1 4 giống AY856095, FJ591131, AY437639, AF326687 và nhóm phụ 2 có một giống VN6. Nhóm II giống AY856096

5 trên ngân hàng gen Quốc tế 19%.

cDNA DEF1 giữa giống đậu xanh địa phƣơng VN6 với

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ xanh AF326687 có mối quan hệ về trình tự amino acid với 3

AY856095, FJ591131, AY437639 trên ngân hàng gen Quốc tế là khoảng 1,5%.

Sự sai khác về trình tự nucleotide và trình tự amino acid ở trên là cơ sở để chúng tôi có những nghiên cứu tiếp theo trên nhiều giống đậu xanh hơn nữa và so sánh giữa hai nhóm kháng mọt tốt và kém nhằm tìm kiếm sự thay đổi vị trí các nucleotide và amino acid liên quan đến tính trạng kháng mọt của các giống đậu xanh. Đây là tiền đề tạo cơ sở cho việc nghiên cứu chọn tạo các giống đậu xanh có khả năng kháng mọt tốt, phục vụ cho phát triển cây đậu xanh trong sản xuất và đời sống.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 1. 1.1. cDNA DEF1 đ đƣợc n từ VN6, VN7, VN16 0,22 kb. 1.2. cDNA DEF1 6 đ , cDNA DEF1 222

phân 73 amino acid.

1.3. S VN6 và năm mẫu trên ngân

hàng gen quốc tế đã đƣợc phân tích và đánh giá

DEF1 gen DEF1 9,8% dựa trên 19%. 2. , so DEF1 để . 2.2. nucleotide DEF1 .

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 1. Nguyễn Mạnh Chính, Nguyễn Mạnh Cƣờng (2008), Trồng đậu xanh,

Nxb Nông Nghiệp, Hà Nội, tr: 3-9.

2. Đƣờng Hồng Dật (2006), Cây đậu xanh. Kỹ thuật thâm canh và biện pháp tăng năng suất, chất lượng sản phẩm, Nxb Lao Động - Xã Hội, tr: 5-31.

3. Lê Doãn Diên (1995), Sử dụng kỹ thuật của công nghệ sinh học để bảo quản, chế biến nông sản sau thu hoạch, Nxb Nông nghiệp.

4. Nguyễn Lâm Giang (2009), Thành phần sâu mọt, đặc điểm sinh học, sinh thái phát sinh gây hại loài Callosobruchus maculatus F. Trên hạt đỗ xanh, đỗ tương nhập khẩu từ Trung Quốc qua cửa khẩu Lạng Sơn (2008 - 2009) và biện pháp phòng trừ, Luận văn thạc sĩ Nông nghiệp, Trƣờng Đại học Nông nghiệp Hà Nội.

5. Điêu Thị Mai Hoa, Lê Trần Bình (2005), „„Nghiên cứu tính đa dạng di truyền của 57 giống đậu xanh (Vigna radiata L.) bằng kỹ thuật RAPD‟‟,

Tạp chí Công nghệ Sinh học, 3(1), tr: 57-66.

6. Bùi Công Hiển (1995). Côn trùng hại kho. Nxb khoa học và kĩ thuật, tr 11-12.

7. Bùi Công Hiển, Phạm Chí Dũng (1989). Bước đầu tìm hiểu ảnh hưởng của tia bức xạ Gamma đối với mọt đậu xanh (C.chinensis L.) Tạp chí Sinh học 11.

8. Bùi Công Hiển, Nguyễn Quang Hiếu, Lƣơng Thị Hải (2000). Một số kết quả điều tra côn trùng hại trong kho thóc dự trữ ở Hà nội và Hải phòng.

TT Bảo vệ thực vật. Số 5.

9. Hà Quang Hùng (2005), Giáo trình kiểm dịch thực vật và dịch hại nông sản sau thu hoạch, Nxb Nông nghiệp.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 10. Nguyễn Đăng Khôi (1997), “Các cây đậu ăn hạt ở Việt Nam”, Tạp chí

Sinh học, số 2, tr:5-6.

11. Kết quả nghiên cứu khoa học đậu đỗ 1991- 1995 (1996), Viện Khoa học kỹ thuật Nông nghiệp, Việt Nam, tr: 4-188.

12. Kết quả nghiên cứu khoa học nông nghiệp 2000 (2001), Nxb Nông Nghiệp.

13. Phạm Văn Lầm (1995), Biện pháp sinh học phòng chống dịch hại nông nghiệp, Nxb Nông nghiêp, Hà Nội.

14. Trần Đình Long, Lê Khả Tƣờng (1998), Cây đậu xanh, Nxb Nông Nghiệp.

15. Trần Đình Long, Lê Khả Tƣờng (1991), Những nghiên cứu mới về chọn tạo giống đậu đỗ, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội, tr: 2-20.

16. Đỗ Tất Lợi (1997), Những cây thuốc và vị thuốc Việt Nam, Nxb Khoa học và Kỹ thuật, Hà Nội.

17. Lê Đình Lƣơng, Lê Văn Sơn, Lƣơng Văn Hinh (2002), Giáo trình cây lương thực (dành cho sinh viên cao học), Nxb Nông nghiệp.

18. Chu Văn Mẫn (2003), Ứng dụng tin học trong sinh học, Nxb ĐHQG Hà Nội.

19. Quyền Đình Thi, Nông Văn Hải (2008), Những kỹ thuật PCR và ứng dụng trong phân tích DNA, tập II, Nxb Khoa học Tự nhiên và Công nghệ.

20. Nguyễn Vũ Thanh Thanh (2008), Nghiên cứu tính đa dạng di truyền và phân lập một số gen liên quan đến tính chịu hạn của cây đậu xanh (Vigna radiata (L.) Wilczek), Luận án tiến sĩ Sinh học, Viện Công nghệ Sinh học, Hà Nội.

21. Phạm Văn Thiều (1997), Cây đậu xanh. Kỹ thuật trồng và chế biến sản phẩm, Nxb Nông nghiệp.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 22. Phòng Kiểm dịch thực vật - Cục Bảo vệ thực vật (2003), Thành phần côn

trùng hại kho ở Việt Nam năm 1996 - 2000, một số ứng dụng bảo vệ thực vật vào sản xuất nông nghiệp, Nxb Nông nghiệp.

23. Nguyễn Thị Giáng Vân (1996), Thành phần côn trùng kho ở Việt Nam, Báo cáo kết quả nghiên cứu khoa học, Cục Bảo vệ thực vật.

T

24. Adler C. (2001), “Potential of phytochemical for prevention, detection and control of insect pests in integrated stored product protection”,

Workshop on practice oriented results on use of plant extracts and pheremones in integrated and biological pests control, Cairo, Egypt February 10-1

25. Carvalho A. de O., Gomes V.M. (2009), “Plant defensins - prospects for the biological functions and biotechnological properties”, Peptides, 30(5), pp: 1007-1020.

26. Carvalho A. de O., Gomes V.M. (2011), “Plant defensins and defensin- like peptides - biological activities and biotechnological applications”,

Current Pharmaceutical Design, 17(38), pp: 4270-4293.

27. Chen G.H., Hsu M.P., Tan C.H., Sung H.Y., Kuo C.G., Fan M.J., Chen H.M., Chen S., Chen C.S. (2005), “Cloning and characterization of a plant defensins VaD1 from azuki bean”, Agric Food Chem, 53(4), pp:982-988.

28. Chen J.J., Chen G.H., Hsu H.C., Li S.S., Chen C.S. (2004), “Cloning and functional expression of a mungbean defensin 1-18. VrD1 in Pichia pastoris”, Journal of Agricultural and Food Chemistry, 52(13), pp: 4350. 29. Chen K.C., Lin C.Y., Kuan C.C., Sung H.Y., Chen C.S. (2002), “A Novel DEF1 encoded by a mungbean cDNA exhibits insecticidal activity against Bruchid”, Agricultural Food Chemistry, 50 (25), pp: 7258-7263.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 30. Chen Y.J., Wu M.F., Yu Y.H, Tam M.F., Lin T.Y. (2004),

“Developmental Expression of Three Mungbean Hsc70s and Substrate- binding Specificity of the Encoded Proteins”, Plant and cell Physiology, 45 (110), pp: 1603-1614.

31. Henrik U.S., Brandi S., Yueju W. (2009), “A defensin from tomato with dual funtion in defense and development”, Plant Molecular Biology, 71, pp: 131-143.

32. Henrik U.S., James G.T., Thomson Y.W. (2009), “plant defensins

defense, development and application”, Plant signaling & Behavior 4, 15, pp: 1010-1012.

33. Koichi F. (1967), Studies on interspecies competition between the Azuki bean weevil, Callosobruchus chinensis and the Southern cowpea weevil,

C. Maculatus, Res. Popul. Ecol. IX, 192-200.

34. Liu Y.J., Cheng C.S., Lai S.M., Hsu M.P., Chen C.S., Lyu P.C. (2006), “Solution structure of the plant defensin 1-VrD1 from mung bean and its possible role in insecticidal activity against bruchids”, Proteins, 63(4), pp: 777-786.

35. Marcos K. (1998), “Integrated pests management: Historical perspective and contemporary development”, Annual rev. Entomol. (43), p 243-270. 36. Meyer B., Houlne G., Pozueta-Romero J., Schantz M.L., Schantz R.

(1996), “Fruit-specific expression of a defensin 1-type gene family in bell pepper. Up regulating during ripening and upon wounding”, Plant Physiology, 112, pp: 615-622.

37. Oh B.J., Kos M.K., Kostenyuk I., Shin B., Kim K.S. (1999), “Coexpression of a defensin 1 gene and a thionin-like via different signal transduction pathways in pepper and Colletotrichum gloeosporioides interactions”, Plant Molecular Biology, 41, pp: 313-319.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 38. Park H.C., Kang Y.H., Chun H.J., Koo J.C., Cheong Y.H. (2002),

“Characterization of a stamen-specific cDNA encoding a novel plant

defensin 1 in Chinese cabbage”, Plant Molecular Biology, 50, pp: 59-69. 39. Phillips T.W. (1994). Pheromones of stored products insects current

status and future perspectives. In: Highley E., Wright EJ., Banks HJ, Champ BR. Eds stored product protection: Proceedings, 6th international working conference of stored products, protection, pp.17- 23.

40. Prasantha B., Rohitha D. (2002), “Efficacy of burnt plant materials smoke for protection of stored paddy against infestation of Sitophilus oryzae (L.)”, Integrated protection of stored products, IOBC Bulletin, Vol. 25 (3), p. 171-176.

41. Reichmuth C. (2000), biological control in stored product protection, integrated protection of stored product, IOBC bulletin Vol.23(10), p. 11- 23.

42. Sabah F. (2001), “Development of lowinput technology for reducing postharvest losses of staples in Southeast Asia”, JIRCA 2001 annual report, p 30 -32.

43. Stotz H.U., Thomson J.G., Wang Y. (2009), "Plant defensins: defense, development and application", Plant Signal Behav, 4(11), pp:1010–1012. 44. Subramanyam B.H., Cutkomp L.K. (1985). Moth control in stored grain and the role of Bacillus thuringien.sis: An overview. Residue Rev., 94:1- 47.

45. Tavares L.S., Santos M. de O., Viccini L.F., Moreira J.S., Miller R.N., Franco O.L. (2008), “Biotechnological potential of antimicrobial peptides from flowers”, Peptides, 29(10), pp: 51-142.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 46. Terras F.R.G.., Eggermont K., Kovalev V., Raikhel N.V., Osborn R.W.

(1995), “Small cysteine-rich antifungal proteins from radish. Their role in host defense”, Plant Cell, 7, pp: 573-588.

47. Thevissen K., Ferket K.K., Francois I.E., Cammue B.P. (2003), “Interaction of antifungal plant defensins with fungal membrane components”, Peptides, 24, pp: 1705-1712.

48. Thomma B.P., Cammue B.P., Thevissen K. (2002), “Plant defensins”,

Planta, 216(2), pp: 193-202.

Internet

49. Callosobruchus chinensis L. http://www.scient.dost.gov.ph/.../bsub- view1php.

50. Callosobruchus chinensis L. http://www.agri.ruh.ac.lk/biology/staff/academic/

51. Callosobruchus chinensis L. http.//www.idosi.org/wijas2(1)/13.pdf 52. http://faostat.fao.org

53. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Một phần của tài liệu Nghiên cứu đặc điểm của Gen Defensin phân lập từ cây đậu xanh (Vigna radiata L. Wilczek) (Trang 47)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(58 trang)