Ngoài lĩnh vực đầu tư, sự hợp tác kinh tế giữa Việt Nam và Nhật Bản còn được thể hiện ở lĩnh vực viện trợ phát triển chính thức( ODA) của Nhật Bản cho Việt Nam.
Từ cuối những năm 80 Việt Nam tiến hành đổi mới kinh tế theo hướng mở cửa, thực hiện chính sách đối ngoại đa phương hoá, đa dạng hoá nhằm hoà nhập vào nền kinh tế khu vực và thế giới. Thêm vào đó, những năm gần đây, thế giới đã chứng kiến sự phát triển sôi động của khu vực châu á- Thái Bình Dương, trong đó có các nước ASEAN.Nhằm phát huy ảnh hưởng rộng lớn hơn, Nhật Bản đã không ngừng tăng cường viện trợ cho các nước trong khu vực và Việt Nam. Giai đoạn 1975- 1978, Nhật Bản viện trợ cho Việt Nam chủ yếu là hàng hoá; giai đoạn 1978-1992, Nhật Bản ngừng viện trợ ODA cho Việt Nam ( chỉ viện trợ nhân đạo); giai đoạn 1992 đến nay, Nhật Bản đã khôi phục và không ngừng tăng mức viện trợ cho Việt Nam. Năm 1992, Việt Nam là một trong 10 nước đứng đầu danh sách nhận ODA song phương của Nhật Bản với số vốn là 281,24 triệu USD. Đến năm 1993 mặc dù Việt Nam không còn là một trong 10 nước nhận ODA lớn nhất của Nhật Bản nhưng vẫn tiếp tục xếp thứ 9 trong số các nước nhận viện trợ không hoàn lại lớn nhất của Nhật Bản với số tiền 6,72 tỉ Yên. Năm1994, Việt Nam đứng thứ 12 trong số các nước nhận viện trợ không hoàn lại của Nhật Bản với số tiền 58,76 triệu
USD. Nhật Bản còn viện trợ hợp tác kĩ thuật cho Việt Nam trị giá 26,46 triệu USD. Trong năm 1995, Việt Nam và Nhật Bản đã kí kết hiệp định tín dụng trị giá 58 tỉ Yên cho 8 dự án của Việt Nam bao gồm: các dự án xây dựng nhà máy nhiệt điện và thuỷ điện, cải thiện hệ thống cấp nước...Bên cạnh đó, hai nước cũng đã kí một hiệp định viện trợ văn hoá để trang bị các phòng học tiếng Nhật của đại học ngoại thương, đồng thời, Nhật Bản cam kết viện trợ không hoàn lại 3 tỉ Yên để hỗ trợ cho công cuộc cải cách ở Việt Nam. Ngày 27/7/1996, trong chuyến thăm hữu nghị chính thức của Bộ trưởng ngoại giao Nhật Bản, phía Nhật Bản cam kết viện trợ không hoàn lại cho Việt Nam 3557 tỉ Yên cho các dự án xây dựng cầu nông thôn và miền núi phía bắc và 45,1 triệu Yên viện trợ văn hoá nhằm cung cấp thiết bị nghe nhìn, dạy tiếng Nhật cho trường Đại học Ngoại ngữ Hà Nội. Năm 1997, Việt Nam vẫn là nước nhận ODA lớn thứ 6 của Nhật Bản với số tiền là 232,48 triệu USD, sau Trung Quốc, Inđônêxia, ấn độ, Thái Lan và Philipin.
Có thể kể đến một số lĩnh vực được chính phủ Nhật Bản ưu tiên hỗ trợ cho Việt Nam như: phát triển nguồn nhân lực, cơ sở hạ tầng kinh tế, phát triển nông thôn, phát triển giáo dục và ytế và bảo vệ môi trường.
Phần viện trợ khoông hoàn lại chủ yếu tập trung vào các dự án tăng cường trang thiết bị và cơ sở vật chất cho lĩnh vực ytế, giáo dục, công nghiệp, cấp thoát nước, phát triển nông thôn, hỗ trợ ngân sách, nghiên cứu phát triển, đào tạo cán bộ, cử chuyên gia...
Phần vay tín dụng ưu đãi được dành cho các dự án phát triển cơ sở hạ tầng, trong đó phần quan trọng cho các dự án phát triển điện lực với tổng số 1727,26 triệu USD. Riêng 3 dự án lớn là Hàm Thuận-Dami với 486,81 triệu USD, Phú Mỹ I với 488,06 triệu USD và Phả Lại II với 643,16 triệu USD, còn giao thông vận tải là 1307,32 triệu USD, nông nghiệp là 97,76 triệu USD, giáo dục là 96,04 triệu USD...
Trong tương lai, theo thảo luận giữa hai chính phủ nguồn vốn ODA của Nhật tiếp tục dành ưu tiên cho phát triển nguồn nhân lực và xây dựng thể chế
và cải tạo mạng lưới giao thông và điện, phát triển nông nghiệp và nông thôn, chú ý đến giáo dục -ytế-môi trường.