Khi phân tắch lựa chọn phương án quy hoạch thường ứng dụng hai phương pháp rất đặc trưng của lý thuyết phân tắch hệ thống, đó là: Phương pháp tối ưu hoá và phương pháp mô phỏng.
Phương pháp mô phỏng là phương thức mô tả một hệ thống thực bằng một hệ thống không thực do người nghiên cứu tạo ra. Trên hệ thống nhân tạo, các quá trình vật lý của mô hình thực được mô tả gần đúng hoặc tương tự. Các quy luật vận động của hệ thống thực được suy ra từ những kết quả nghiên cứu trên hệ thống do người nghiên cứu tạo ra. Hiện nay có khá nhiều mô hình mô phỏng được sử dụng rộng rãi trong quy hoạch và quản lý nguồn nước. Điển hình là các mô hình loại HEC: HEC1, HEC2,...,HEC6, HEC-HMS, HEC-RESIM; các mô hình họ MIKE: MIKE11,
Nghiên cứu ứng dụng phương pháp quy hoạch tuyến tắnh trong bài toán phân bổ tài nguyên nước tỉnh Cao Bằng
MIKE21, MIKEBASIN và rất nhiều các mô hình khác. Tuy nhiên phần lớn các mô hình này đều phải mất phắ để sử dụng. Ngoài ra các mô hình mô phỏng này có rất nhiều thông số cần được thiết lập, với tình hình thực tế về số liệu của vùng nghiên cứu cũng nhưở Việt Nam thì không thể cập nhật đầy đủ thông tin cho các thông số đó. Chắnh vì thế kết quả mô phỏng sẽ không chắnh xác và chỉ cho nghiệm gần tối ưu.
Phương pháp tối ưu hoá là phương pháp xác định lời giải của hệ thống theo mục tiêu khai thác hệ thống bằng cách lượng hoá chúng thành các hàm mục tiêu. Sau khi xác định được mục tiêu của bài toán quy hoạch thì vấn đề quan trọng nhất cần đặt ra là xây dựng hàm mục tiêu của bài toán quy hoạch còn gọi là thiết lập bài toán tối ưu. Mô hình mô tả hàm mục tiêu được gọi là mô hình tối ưu. Việc xây dựng hàm mục tiêu tuỳ thuộc vào nhiệm vụ của bài toán quy hoạch và tắnh phức tạp của hệ thống. Phương pháp tối ưu hoá trong quy hoạch nguồn nước được sử dụng khá rộng rãi trên thế giới và được trình bày trong nhiều tài liệu có liên quan. Trong phạm vi của để tài sẽ ứng dụng excel để giải bài toán quy hoạch tuyến tắnh tối ưu hóa cho phân bổ tài nguyên nước tỉnh Cao Bằng.