Sau khi E. M. Southern mô tả phương pháp Southern blot vào năm 1975, người ta đã dùng một phương pháp tương tự để xác định các đoạn RNA đặc biệt gọi là Northern blot. Phương pháp này còn được gọi là Northern blotting, phương pháp lai Northern hay phương pháp lai RNA.
Northern blot bao gồm các bước cơ bản sau:
-RNA (RNA tổng số hoặc chỉ mRNA) được phân tách bằng điện di trên gel agarose.
Hình 3.1: Sơ đồ mô tả phương phápSouthern blot Southern blot
-RNA sau khi đã phân tách được chuyển lên màng lai (các phân tử RNA giữ nguyên vị trí như ở trên gel).
-RNA cố định trên màng được lai với mẫu dò DNA sợi đơn (hoặc RNA) có đánh dấu phóng xạ hoặc được gắn với một enzyme (alkalin phosphatase hoặc horseradish peroxidase) tạo thành phân tử lai RNA-DNA (hoặc RNA- RNA) sợi kép.
Hình 3.2: Sơ đồ mô tả phương pháp Northern blot
-Vị trí của mẫu dò được phát hiện nhờ kỹ thuật phóng xạ tự ghi nếu nó được đánh dấu phóng xạ. Trong trường hợp mẫu dò được gắn với enzyme thì đem ủ với một cơ chất không màu. Enzyme liên kết với nó sẽ biến đổi thành một sản phẩm màu có thể nhìn thấy hoặc phát ra ánh sáng mà sẽ được phát hiện bằng phim X quang một cách trực tiếp.
Phương pháp Northern blot cho phép phát hiện sự có mặt, xác định kích thước, trọng lượng phân tử, khối lượng mRNA ở trong các mẫu khác nhau. Ðây là một phương pháp rất tốt để phân tích sự biểu hiện của gen khi chúng ta cần định lượng để phân biệt sự khác nhau giữa hai mẫu và nó rất nhạy bởi vậy chúng ta có thể điện di một lượng lớn RNA tổng số hoặc mRNA trên gel.