Phương pháp điện di DNA trên gel agarose là phương pháp sử dụng cả trong phân tích định tính lẫn trong việc thu nhận mẫu acid nucleic.
Nguyên tắc: Dựa vào đặc tính cấu trúc của các acid nucleic. Đó là các đại phân tử tích điện âm đồng đều trên bề mặt nên khi chịu tác động của điện trường, chúng sẽ di chuyển về cực dương của điện trường. Tính linh động của phân tử acid này phụ thuộc vào 2 chỉ tiêu: khối lượng phân tử và nồng độ các chất cấu thành gel được thể hiện qua công thức sau:
LogU = LogU0 – KrC
Trong đó: LogU0 – tính linh động của phân tử trong môi trường lỏng
Kr - hằng số làm chậm phụ thuộc vào cấu trúc gel và khối lượng phân tử của nucleic acid.
C - Nồng độ của gel
Trình tự tiến hành:
• Chuẩn bị gel agarose: đổ dung dịch agarose để đun tan, để nguội vào giá có
lắp lược. Khi gel đã đặc hoàn toàn thì rút lược và đặt vào bể điện đi có chứa đệm.
• Tra mẫu điện di: trước khi tra vào giếng cần bổ sung thêm vào dung dịch cần
điện di chất màu (bromophenol blue). Chất này vừa có tác dụng tạo màu dễ quan sát, vừa có tác dùng giúp cho các phân tử DNA lắng xuống trong quá
trình điện di. Một lượng DNA λ tương ứng sau khi cắt phối hợp bằng Hind III và EcoR I cũng được tra vào gel để làm chỉ thị.
• Tiến hành điện di ở hiệu điện thế 100V, trong khoảng 20-30 phút. DNA di
chuyển từ cực âm sang cực dương. Quan sát sự di chuyển của màu bromophenol blue để biết khi nào cần ngừng điện di.
• Nhuộm DNA bằng EtBr: bản gel được lấy nhẹ ra khỏi khuôn và ngâm trong
dung dịch EtBr trong vài phút, lắc nhẹ. Sau đó lấy bản gel tráng qua nước rồi quan sát dưới ánh sáng của tia UV. DNA được nhuộm bằng EtBr sẽ được hiển thị rõ dưới ánh sáng của tia UV.