Bên cạnh những thành công trong phát triển thương mại sản phẩm thức ăn chăn nuôi đã nói ở trên, thì vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế. Một số hạn chế và nguyên nhân có thể kể đến là :
* Các nguồn cung ứng của doanh nghiệp kinh doanh còn chưa đảm bảo chất lượng cao.
Vì điều kiện về vốn của doanh nghiệp còn nhỏ nên việc tìm kiếm nguồn hàng chất lượng cao trên thế giới là ngoài khả năng nguồn vốn. Nhiều doanh nghiệp còn nhập sản phẩm chất lượng không rõ ràng, kém chất lượng bán ra thị trường nội địa. * Công tác quảng cáo, xúc tiến bán của doanh nghiệp còn thưa thớt :
Nguyên nhân của tình trạng này cũng là do thiếu vốn. Các công ty nhỏ thường dùng biện pháp quảng cáo, bán hàng qua mạng Internet vì chi phí thấp. Tuy nhiên, sự quảng cáo này nhiều khi không mang lại hiệu quả cao như quảng cáo qua báo chí, truyền hình. Quảng cáo qua truyền hình chi phí cao nhưng khách hàng tin tưởng hơn là quảng cáo qua Internet. Lý do là hiện nay có rất nhiều Website quảng cáo nhưng sự quản lý của các cơ quan Nhà nước với các Website đó chưa chặt chẽ gây ra sự nghi ngờ cho khách hàng. Mặt khác, người chăn nuôi chủ yếu là nông dân, có trình độ dân trí chưa cao, họ chủ yếu là có tivi nhưng không có máy vi tính để kết nối Internet hay
có thói quen cập nhật thông tin báo chí. Các chương trình xúc tiến bán như tham gia hội chợ, giảm giá, khuyến mãi còn ít.
* Giá trị gia tăng trong chuỗi giá trị cung ứng còn thấp :
Nguyên nhân của tình trạng này là do đến 80% nguyên vật liệu chúng ta đều nhập khẩu từ nước ngoài, bên cạnh đó nhiều doanh nghiệp kinh doanh nhập khẩu sản phẩm từ nguồn cung nước ngoài chứ không phải sản phẩm làm ra trong nước nên chi phí là rất cao. Mặc dù gia nhập WTO, Việt Nam phải cắt giảm thuế quan theo lộ trình và các ưu đãi thuế nhập khẩu riêng cho ngành thức ăn chăn nuôi. Tuy nhiên, việc giảm thuế cho các doanh nghiệp sản xuất và kinh doanh thức ăn chăn nuôi vẫn còn nhiều tranh cãi, chưa rõ ràng và minh bạch gây ra không ít khó khăn cho các công ty. Nhập khẩu nguyên sản phẩm và nguyên liệu sản xuất sản phẩm chiếm chi phí cao trong giá thành tính ra là một trong những nguyên nhân dẫn đến giá trị gia tăng cho chuỗi giá trị cung ứng còn thấp. Nhiều doanh nghiệp còn chuyển hướng kinh doanh từ nhập khẩu nguyên liệu sang nhập khẩu toàn bộ sản phẩm từ các nguồn cung ứng nước ngoài, hành động này không mang lại giá trị gia tăng.
* Sự phụ thuộc quá lớn vào nguồn hàng nhập khẩu :
Mặc dù là một nước nông nghiệp, hàng năm Việt Nam vẫn thường phải nhập khẩu tới 1 tỷ USD nguyên liệu thức ăn chăn nuôi, chủ yếu từ các quốc gia như Hoa Kỳ, Ấn Độ, Thái Lan, Trung Quốc,…Sự phụ thuộc quá lớn như vậy không chi phí tăng lên mà còn ảnh hưởng tới hiệu quả tổ chức nguồn hàng của doanh nghiệp. Ngoài ra, khi có sự biến động tỷ giá doanh nghiệp dễ gặp rủi ro. Thêm vào đó, việc nhập khẩu quá lớn làm thất thoát đi một lượng ngoại tệ lớn của quốc gia. Nguyên nhân của hiện tượng này là do trình độ sản xuất, công nghệ kĩ thuật trong nước để sản xuất ra các sản phẩm tinh chế thức ăn chăn nuôi còn nhiều hạn chế, chưa có bộ phận nghiên cứu và phát triển. Trong khi hiện nay, vai trò của bộ phận nghiên cứu và phát triển rất quan trọng , đảm bảo bắt kịp nhu cầu của người tiêu dùng, đồng thời tìm ra các biện pháp đáp ứng nhu cầu đó.