So với giai đoạn xuất khẩu, giai đoạn này có rất nhiều thay đổi cả về môi trường kinh doanh và vị thế của Honda trên thị trường Việt Nam. 10 năm sau đổi mới, Việt Nam đã có một bước tiến khá dài trên con đường phát triển. Từ một nước không đủ ăn, thường xuyên phải xin viện trợ, Việt Nam đã vươn lên thành nước xuất khẩu gạo lớn thứ hai trên thế giới, các chỉ số kinh tế có những chuyển biến tích cực. Tỷ lệ lạm phát giảm xuống tới mức gần như không có (còn 0,1% năm 1999 và 0% năm 2000), tốc độ phát triển kinh tế giai đoạn 1995-2000 là 7% so với 3,9% giai đoạn 1986-1995. Chất lượng cuộc sống của người dân ngày càng cao, nhu cầu về hàng hoá và phương tiện đi lại cũng tăng lên nhanh chóng.
Trước xu thế tất yếu của nền kinh tế thị trường, Chính phủ Việt nam đã đưa ra những chính sách thông thoáng nhằm thu hút các nhà đầu tư nước ngoài. Hơn nữa, để tạo môi trường pháp lý đồng bộ, ổn định cho hoạt động đầu tư, tăng cường tính hấp dẫn và cạnh tranh của môi trường đầu tư, mở rộng hợp tác với nước ngoài, tranh thủ nhiều hơn nguồn vốn và kỹ thuật tiên tiến, mở rộng thị trường xuất khẩu, phát triển nền kinh tế quốc dân, ngày 12 tháng 11 năm 1996, Quốc hội đã thông qua Luật đầu tư nước ngoài tại Việt nam. Luật này có bao gồm những quy định về bảo đảm tránh quốc hữu hoá và bảo đảm về việc
mang lợi nhuận ra nước ngoài. Số vốn đăng ký đầu tư vào Việt Nam năm 1996 đạt 8667 triệu USD, tăng 31% so với năm 1995.
Bên cạnh việc hoàn thiện kiến trúc thượng tầng, Chính phủ Việt Bam đã cố gắng đầu tư vào cơ sở hạ tầng, mạng lưới giao thông ngày càng được cải thiện, tính đến cuối năm 1997 cả nước có 106048 km đường bộ. Cơ sở hạ tầng phát triển mang lại thuận lợi cho các nhà kinh doanh trong việc phân phối sản phẩm, giảm chi phí giao thông vận tải. Và đặc biệt là mở ra cơ hội lớn cho các nhà kinh doanh xe gắn máy bởi khi đường xá đi lại thuận lợi thì việc tăng nhu cầu sử dụng phương tiện đi lại này là tất yếu.
Tuy nhiên, nhằm bảo hộ ngành công nghiệp xe máy trong nước, Chính phủ áp dụng các chính sách thuế quan và hạn ngạch hạn chế lượng xe máy nhập khẩu. Chính sách này khiến cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu và cả người tiêu dùng Việt Nam đều phải chịu thiệt thòi. Đây là khó khăn chính mà Honda phải đối mặt lúc bấy giờ.
Việc xuất khẩu giúp Honda có cơ hội tiếp xúc trực tiếp với khách hàng, với các trung gian phân phối, nhờ đó sự hiểu biết về văn hoá, tập quán, tâm lý của người tiêu dùng tăng lên, khả năng đáp ứng nhu cầu cũng trở nên dễ dàng hơn. Honda thực sự đã chiếm lĩnh thị trường xe gắn máy Việt Nam và 80% thị phần là con số điển hình cho thấy vị thế vững chắc của hãng tại thị trường. Trước những khó khăn và thuận lợi của môi trường kinh doanh và của bản thân công ty, Honda đưa ra quyết định thực hiện bước thâm nhập sâu hơn, đó là thành lập liên doanh sản xuất xe gắn máy trực tiếp tại thị trường Việt Nam.
Có thể thấy quyết định của Honda vào thời điểm này là hoàn toàn thích hợp bởi so với xuất khẩu thì đầu tư trực tiếp có những ưu điểm nổi trội. Thứ nhất, công ty có thể tiết kiệm được chí phí về nhân công và chi phí vận tải, từ đó có thể giảm giá thành sản phẩm. Thứ hai, công ty tạo được hình ảnh tốt do tạo thêm được việc làm cho người lao động tại nước sở tại. Thứ ba, công ty thiết lập được quan hệ chặt chẽ với chính quyền sở tại, khách hàng, các nhà cung cấp và các nhà phân phối bản xứ làm cho sản phẩm thích nghi tốt hơn với điều kiện thị trường ở đó. Thứ tư, công ty kiểm soát được toàn bộ hoạt động đầu tư và kinh doanh và do đó có thể triển khai các chính sách marketing phục vụ mục tiêu lâu dài. Như vậy quyết định này đã giúp Honda biến khó khăn thành thuận lợi và phát huy thuận lợi thành thế mạnh trong kinh doanh.
Vào tháng 3 năm 1996, liên doanh Honda Việt Nam được thành lập, ý tưởng mong muốn được sản xuất riêng cho người tiêu dùng Việt Nam được Honda ấp ủ trong một thời gian dài đã trở thành hiện thực. Honda Việt Nam là liên doanh trị giá 31,2 triệu USD giữa Tổng công ty cơ khí và máy nông nghiệp Việt Nam và hãng Honda Motor Co.Ltd., của Nhật bản. Là một trong năm liên doanh sản xuất xe gắn máy ở Việt nam và là nhà
máy có công suất sản xuất và lắp ráp lớn nhất, công ty bắt đầu đi vào sản xuất xe máy hàng loạt từ tháng 12 năm 1997.
Ngày 11 tháng 3 năm 1998, lễ khánh thành Nhà máy sản xuất xe Super Dream thuộc công ty Honda Việt nam đã được tổ chức long trọng tại nhà máy cách thị xã Phúc Yên thuộc tỉnh Vĩnh phúc 1km. Honda Việt Nam là một trong 27 nhà máy sản xuất xe máy liên doanh của Tổng Công ty Honda được xây dựng khắp thế giới và theo các nhà lãnh đạo của Honda Việt Nam thì nhà máy tại Việt Nam là nhà máy hiện đại nhất Đông Nam Á.
Vào thời gian đầu mới sản xuất, do thói quen và thị hiếu người tiêu dùng Việt Nam thích các sản phẩm ngoại nhập, sản phẩm sản xuất trong nước còn rất mới lạ mặc dù giá cả thấp hơn nhiều so với sản phẩm xe máy nhập khẩu. Honda đã tiến hành chiến dịch quảng cáo rầm rộ trên thị trường về sản phẩm với những tính năng ưu việt được sản xuất phù hợp với tình hình địa hình và khí hậu Việt Nam cùng với mạng lưới dịch vụ sửa chữa và bảo hành trên toàn quốc. Khẳng định chất lượng sản phẩm của công ty, ông Hiroshi Sekiguchi muốn gửi đến người tiêu dùng Việt Nam một thông điệp: “Dù sản xuất ở đâu thì công nghệ vẫn là của Honda, chất lượng cũng được đảm bảo bằng uy tín của Honda”. Ông Hiroshisato, chuyên gia tại Trung tâm nghiên cứu và phát triển Honda tại khu vực Đông Nam Á còn nhấn mạnh: “Do môi trường khí hậu và tiếng ồn ở Việt Nam nên tiêu chuẩn chất lượng của Honda Việt Nam thậm chí còn cao hơn Honda Nhật Bản”.
Chiến dịch quảng cáo đã đưa Honda Việt Nam đến gần hơn với người tiêu dùng Việt Nam. Tính đến năm 2001, tổng số xe máy được sản xuất và bán ra là 500 nghìn chiếc, riêng năm 2001 công ty đã bán ra khoảng 170 nghìn xe bao gồm 105 nghìn chiếc Future và 65 nghìn chiếc Super Dream. Trong năm 2002, công ty dự định đưa ra thị trường 500 nghìn chiếc xe các loại. Bằng phương châm kinh doanh “luôn tràn ngập ước mơ và lòng nhiệt thành”, Honda Việt Nam đã đạt được những thành công trong giai đoạn đầu.
Năm 1992, Việt Nam mới có khoảng 0,5 triệu xe máy trên toàn quốc, đến năm 1998 khi Honda Việt Nam chính thức đi vào sản xuất thì số xe máy tăng lên đến 3 triệu chiếc. Năm 1999, lượng xe máy tiêu thụ ở thị trường Việt Nam vào khoảng nửa triệu chiếc/năm, người ta cho rằng còn lâu mới đạt 1 triệu xe/năm, cuộc đổ bộ ào ạt của xe Trung Quốc đã bất ngờ nâng con số này lên đến 1,8 triệu chiếc trong năm 2000. Xe máy giá rẻ tràn ngập thị trường, tạo ra sức ép, buộc các hãng lớn trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh xe máy phải hạ giá. Thị phần của Honda trên thị trường giảm sút, việc kinh doanh của hãng thực sự gặp khó khăn. Tuy nhiên bằng kinh nghiệm và phản ứng nhanh nhạy,
Tận dụng những ưu thế của việc đầu tư trực tiếp mang lại, cùng với việc nhập khẩu một số linh kiện có sức cạnh tranh nhất về giá cả và chất lượng, Honda đã tiến hành chiến lược giảm giá để cạnh tranh. Trước sự biến động của thị trường, Honda đã kịp thời tung ra dòng xe Wave Alpha có giá xấp xỉ 11 triệu đồng Việt Nam, cao hơn giá xe Trung quốc đôi chút vào thời điểm nhu cầu mua sắm đang lên. Cũng vào thời điểm này xe Trung quốc bắt đầu bộc lộ nhược điểm, đó là chất lượng không bảo đảm gây tai nạn cho người tiêu dùng. Việc xuất hiện loại xe mới chất lượng Honda với giá dễ mua đã nhận được sự chào đón nồng nhiệt từ phía khách hàng. Tính đến cuối tháng 5 năm 2002, Honda đã bán ra 74 nghìn chiếc Wave Alpha và dự định sẽ bán tới 200 nghìn chiếc trong năm nay. Công suất sản xuất trên 2000 chiếc xe một ngày vẫn không đủ đáp ứng nhu cầu sử dụng, giá bán xe trên thị trường có khi lên tới 15 triệu mà người tiêu dùng vẫn phải đặt hàng từ trước.
Không chỉ dừng lại ở việc đáp ứng nhu cầu trong nước, Honda Việt Nam còn thực hiện việc xuất khẩu sang thị trường nước ngoài và cũng như ở Việt Nam, sản phẩm của hãng được người tiêu dùng đánh giá rất cao. Cuối tháng 8 năm 2002, Honda Việt Nam đã xuất sang thị trường Philippines được 2000 xe máy nhãn hiệu Wave Alpha và dự kiến xuất khẩu 5000 chiếc trong những tháng cuối năm. Điều này không chỉ khẳng định được uy tín và chất lượng sản phẩm của Công ty Honda Việt Nam mà còn cho thấy vai trò quan trọng của công ty trong ngành công nghiệp xe máy của Việt Nam. Ông Hiroshi Sekiguchi, tổng giám đốc Honda Việt Nam cũng thừa nhận “ý nghĩa trước mắt của thương vụ này không nhiều”, ông giải thích thêm “Việc xuất khẩu sẽ làm tăng uy tín của Honda Việt Nam, để khi Việt Nam tham gia AFTA, sản phẩm của Honda Việt Nam có thể cạnh tranh được”.
Đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng của thị trường, Honda Việt Nam quyết định đầu tư thêm 16 triệu USD để mở rộng dây chuyền sản xuất, nâng công suất lên 2650 chiếc xe một ngày. Kế hoạch sản xuất năm 2002 công ty đã đăng ký với Sở thương mại Vĩnh phúc là 587 nghìn chiếc xe.
Kế hoạch đầu tư của công ty cũng hoàn toàn phù hợp với chính sách khuyến khích và ưu đãi đầu tư của Chính phủ. Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam ghi rõ: đối với nhà đầu tư nước ngoài góp vốn pháp định hoặc vốn để thực hiện hợp đồng hợp tác kinh doanh từ 10 triệu USD trở lên phải nộp 3% thuế chuyển lợi nhuận ra nước ngoài. Tuy nhiên nếu nhà đầu tư nước ngoài dùng lợi nhuận thu được và các khoản thu hợp pháp
khác từ hoạt động đầu tư ở Việt Nam tái đầu tư thì được hoàn lại một phần hoặc toàn bộ số thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp của lợi nhuận tái đầu tư.
Ngoài ra nhà nước còn quy định đối với các sản phẩm xe máy đạt tỷ lệ nội địa hoá trên 40 % thì áp dụng mức thuế ưu đãi 15% trở xuống vào các linh kiện nhập khẩu so với mức thuế tối đa là 60%. Trước những quy định về thuế, một yếu tố kinh tế hết sức quan trọng có ảnh hưởng trực tiếp đến thu nhập của doanh nghiệp như vậy thì Honda đang tiến hành mở rộng quy mô kinh doanh và phấn đấu đạt tỷ lệ nội địa hoá phù hợp. Song song với sản xuất các loại xe đáp ứng nhu cầu của bộ phận dân cư có thu nhập trung bình, Honda còn tiến hành xuất khẩu các loại xe kiểu mới, thời trang như Spacy, Avenis, @ … đáp ứng nhu cầu của bộ phận dân cư có khả năng thanh toán cao.