Thuận Thành là một huyện có địa hình tương đối bằng phẳng, nghiêng từ Tây sang Đông được thể hiện qua các dòng chảy mặt đổ về sông Đuống. Mức độ chênh lệch địa hình không lớn, với vùng đồng bằng thường có cao độ từ 2,1-5,9m.
Với dạng địa hình trên Thuận Thành có điều kiện thuận lợi phát triển đa dạng cây trồng, vật nuôi, luân canh nhiều cây trồng và canh tác nhiều vụ trong năm. Song cũng có khó khăn là phải xây dựng các công trình tưới, tiêu cục bộ và đòi hỏi lựa chọn cơ cấu cây trồng vật nuôi thích hợp đối với vùng mới phát huy được hết tiềm năng đất đai của huyện.
Thuận Thành là một trong những huyện có nền kinh tế tương đối phát triển của tỉnh Bắc Ninh. Tuy nhiên hiện tại trong vùng vẫn có khoảng 70% dân số sống về nông nghiệp nên công tác thuỷ lợi vẫn giữ một vai trò quan trọng trong phát triển kinh tế xã hội của huyện. Tuy nhiên trong những năm gần đây diễn biến thời tiết rất phức tạp, lũ bão gia tăng trong mùa mưa. Hai tháng mưa nhiều nhất đó là tháng VII và tháng VIII, tổng lượng mưa hai tháng này chiếm khoảng 35% tổng lượng mưa năm, lượng mưa tháng của các tháng này đều từ 200-300mm/tháng số ngày mưa lên tới 15-20 ngày, trong đó có tới 9 đến 10 ngày mưa có mưa dông với tổng lương mưa đáng kể, thường gây úng.
Trên sông Đuống mực nước lũ khá cao, tại Thượng Cát Hmax = 13,68m (tháng VIII/1971) chỉ thấp hơn Hà Nội cùng thời gian là 0,45m. Như vậy mực nước ngoài sông Đuống cao hơn cao trình mặt ruộng trong đồng từ 5 ÷ 10m. Độ dốc mặt nước mùa lũ trên sông Đuống trung bình 0,1%, vì vậy việc tiêu nước trong nội đồng ra sông Đuống rất khó khăn.