Tuy nhiên, bên cạnh những điểm sáng mà FDI đem lại, nó cũng đã bộc lộ không ít khuyết điểm:
a/ Chất lượng của nguồn vốn chưa cao, các dự án đầu tư công nghệ cao còn hạn chế. Việc chuyển giao công nghệ còn chậm, thậm chí nhiều doanh nghiệp FDI còn sử dụng công nghệ lạc hậu, tiềm ẩn nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Nhiều dự án thiên về việc sử dụng tài nguyên đất đai, khoáng sản của đất nước.
b/ Nhiều doanh nghiệp báo cáo lỗ triền miên, khiến câu hỏi về tính hiệu quả của doanh nghiệp đã được đặt ra. Phải chăng họ lỗ thật hay là lợi dụng kẽ hở pháp luật để thực hiện hành vi "chuyển giá". Một số doanh nghiệp còn vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường, vi phạm Bộ Luật Lao động… gây thiệt hại cho người lao động và cho đất nước.
c/ Sau 25 năm thu hút FDI, Việt Nam vẫn chỉ chiếm giá trị thấp trong chuỗi giá trị toàn cầu, nằm trong khâu thấp nhất của giá trị sản phẩm. Mặc dù FDI luôn dẫn đầu về tốc độ tăng trưởng công nghiệp, nhưng tỷ lệ nội địa hóa trong một số ngành, lĩnh vực vẫn còn khá thấp. Theo báo cáo “Chỉ số năng lực cạnh tranh cấp tỉnh năm 2010” của Cơ quan Phát triển quốc tế Mỹ (USAID) và Dự án Nâng cao năng lực cạnh tranh Việt Nam (VNCI) trên cơ sở khảo sát 1.155 doanh nghiệp của 47 quốc gia, đại diện cho 21% số doanh nghiệp FDI đang hoạt động, thì doanh nghiệp FDI tại Việt Nam có quy mô tương đối nhỏ và có lợi nhuận thấp, chủ yếu làm thầu phụ cho các công ty đa quốc gia lớn hơn.
d/ Mục tiêu đặt ra trong thu hút FDI không đạt được kết quả như mong muốn.
Chẳng hạn, về mục tiêu lao động, mặc dù lao động trong khu vực FDI tăng lên hàng năm, nhưng đến nay vẫn chỉ chiếm 4% tổng lực lượng lao động của nền kinh tế. Hay đặt mục tiêu vào công nghiệp, nhưng các doanh nghiệp FDI hiện nay mới tập trung
vào nhóm ngành tận dụng lao động giá rẻ và tận dụng chính sách bảo hộ công nghiệp của Nhà nước…
e/ Khả năng hấp thụ nguồn vốn còn khiêm tốn, đồng nghĩa với việc chưa tận dụng một cách có hiệu quả nguồn vốn này trong khi Việt Nam đang có nhu cầu lớn về vốn. Ngay cả khi Việt Nam thu hút FDI lên đến hơn 70 tỷ USD trong năm 2008, thì vốn giải ngân cũng chỉ dừng lại ở mức 10-11 tỷ USD/năm. Đó là do cơ sở hạ tầng lạc hậu, dịch vụ logistics kém phát triển, nguồn nhân lực chưa đáp ứng được nhu cầu và ngành công nghiệp hỗ trợ còn kém phát triển. Đây có thể là những yếu tố chính ảnh hưởng đến mức độ hấp thụ dòng vốn FDI của nền kinh tế.