Acetone
Dung môi acetone được sử dụng rộng rãi trong cả hai phương pháp trắc quang và huỳnh quang. Đối với phương pháp trắc quang cần ly tâm để loại bỏ ảnh hưởng của độ đục của dung dịch, nhưng với phương pháp huỳnh quang thì có thể bỏ qua vì kĩ thuật này không nhạy với độ đục ở mức độ bình thường. Nếu mẫu trắng (blank) có giá trị đo huỳnh quang cao hoặc không thể xét giá trị bằng 0 cho máy huỳnh quang bằng một dung môi acetone trắng, thì có nghĩa là acetone đã bị nhiễm bẩn. Sự nhiễm bẩn thông thường là do sự sánh dầu từ quá trình chế tạo các bình chứa kim loại.
Methanol có hiệu quả hơn acetone trong một vài trường hợp. Phương pháp này có thể đo huỳnh quang trực tiếp khi không cần độ chính xác cao và hàm lượng pheophytin thấp. Khi cần độ chính xác cao hơn và pheophytin có mặt với lượng đáng kể, dịch chiết methanol được làm khô và chuyển sang acetone 90%. Phổ pheophitin a và b khá nhạy với pH của môi trường trong dung môi methanol nhưng không nhạy trong dung môi acetone 90% nên xác định được lượng chlorophyll chuẩn xác hơn trong phương pháp trắc quang cũng như phương pháp đo huỳnh quang.
DMSO (dimethyl sunfoxide)
Dung môi này có hiệu quả khi ngâm chiết các loại tảo nâu, một loại tảo khó có thể tách chiết chlorophyll bởi các dung môi khác. Dung môi này cho phép ngâm chiết hầu như hoàn toàn các loại tảo, chúng không để lại một chút sắc tố nào trong bã thải. DMSO có khả năng phá vỡ các thể hạt bên trong và cấu trúc màng của tảo nâu và tảo lam.
Ethanol
Ethanol được xem là một trong những dung môi chiết tách tốt, sử dụng để đánh giá chlorophyll trong sinh khối vi tảo. Ngoài ra ethanol còn có hiệu quả trong quá trình chiết tách và định lượng các sắc tố từ các tế bào tự dưỡng hơn so với acetone.