- Buộc thực hiện đúng hợp đồng
Khoản 2 Điều 299 Luật Thương mại 2005 quy định: “ Trường hợp bên vi phạm không thực hiện chế tài buộc thực hiện đúng hợp đồng trong thời hạn mà bên bị vi phạm ấn định, bên vi phạm được áp dụng các chế tài khác để bảo vệ quyền lợi chính đáng của mình”. Quy định như vậy đã làm cho chế tài buộc thực hiện đúng hợp đồng trở nên vô giá trị, bởi vì ngay cả trường hợp bên vi phạm không thực hiện chế tài này thì cũng không chịu bất cứ trách nhiệm bổ sung nào, mà chỉ chịu các hình thức chế tài khác. Điều này đã trở thành một kẽ hở lớn để bên vi phạm lợi dụng nhằm trì hoãn thực hiện nghĩa vụ hợp đồng.
- Phạt vi phạm
Quy định của pháp luật về chế tài này còn khá cứng nhắc, mâu thuẫn. Điều 301 Luật Thương mại quy định mức phạt vi phạm không được quá giá trị phần nghĩa vụ
hợp đồng vi phạm . Ở đây giá trị phần nghĩa vụ hợp đồng vi phạm không hẳn là giá trị hợp đồng. Bên cạnh đó, việc hiểu và chứng minh như thế nào là giá trị phần nghĩa vụ hợp đồng vi phạm hoàn toàn không đơn giản chút nào. Chưa kể đến việc
phải đưa ra tòa án giải quyết, thì việc đánh giá kết luận lại phụ thuộc vào nhận định chủ quan của hội đồng xét xử.
- Bồi thường thiệt hại
Luật Thương mại 2005 và luật Dân sự 2005 đều quy định về chế tài bồi thường thiệt hại. Tuy nhiên, giữa hai văn bản này có quy định khác nhau về căn cứ phát sinh trách nhiệm bồi thường và thiệt hại được bồi thường. Cụ thể, luật Thương mại 2005 loại bỏ quy định trực tiếp yếu tố lỗi so với bộ luật Dân sự 2005 bắt buộc phải có lỗi của bên vi phạm, bên cạnh đó, bộ luật Dân sự cho bồi thường tổn thất về tinh thần nhưng luật Thương mại 2005 chỉ nêu thiệt hại thực tế, coi khoản lợi đáng lẽ được hưởng là một thiệt hại nhưng bộ luật Dân sự 2005 không nêu rõ về vấn đề này.
Trường hợp không xác định rõ quan hệ và pháp luật điều chỉnh sẽ dẫn đến khó giải quyết khi có tranh chấp.
Luật thương mại 2005 chỉ quy định mang tính khái quát cho phép tạm ngừng, đình chỉ, hủy bỏ hợp đồng khi các bên có thỏa thuận hay khi có hành vi vi phạm cơ bản nghĩa vụ hợp đồng và không thuộc trường hợp được miễn trách nhiệm. Tuy nhiên, bộ Luật dân sự 2005 chỉ cho phép chấm dứt hay hủy bỏ hợp đồng khi các bên có thỏa thuận hay có quy định của pháp luật. Nói cách khác, nếu không có thỏa thuận hay quy định của pháp luật thì không có cơ sở để chấm dứt, hủy bỏ hợp đồng. Việc nhận diện một hành vi vi phạm hợp đồng được coi là vi phạm cơ bản để tạm ngừng, đình chỉ hoặc hủy bỏ hợp đồng trong thực tế rất khó khăn dễ nhầm lẫn.