Phương pháp ủ trong container là phương pháp ủ mà vật liệu ủ được chứa trong container hoặc thùng kín, túi đựng hay trong nhà. Thổi khí cưỡng bức thường được sử dụng cho phương pháp ủ này. Có nhiều phương pháp ủ trong container như ủ trong bể di chuyển theo phương ngang, ủ trong container thổi khí và ủ trong thùng quay.
Trong bể di chuyển theo phương ngang, CTR được ủ trong một hoặc nhiều ngăn phản ứng dài và hẹp, thổi khí cưỡng bức và xáo trộn định kỳ. Vật liệu ủ được duy chuyển liên tục dọc theo chiều dài của ngăn phản ứng trong suốt quá trình ủ.
Trong container thổi khí, vật liệu được chứa trong các loại container khác nhau như thùng chứa CTR hay túi polyethylene… Thổi khí cưỡng bức được sử dụng cho phương pháp ủ dạng mẻ, không có sự rung hay xáo trộn trong container. Tuy nhiên, ở giữa quá trình ủ, vật liệu có thể được lấy ra và xáo trộn bên ngoài, sau đó cho vào container lại.
Còn đối với loại thùng quay, vật liệu ủ trong một thùng xoay chậm theo phương ngang kèm theo thổi khí cưỡng bức.
- Ít nhạy cảm với điều kiện thời tiết.
- Khả năng kiểm soát quá trình ủ và kiểm soát mùi tốt hơn. - Thời gian ủ ngắn hơn phương pháp ủ ngoài trời.
- Nhu cầu diện tích nhỏ hơn so với các phương pháp khác. - Chất lượng phân tốt hơn.
Nhược điểm - Vốn đầu tư cao.
- Chi phí vận hành và bảo trì hệ thống cao. - Thiết kế phức tạp và đòi hỏi trình độ cao. - Công nhân vận hành đòi hỏi trình độ cao.