Dựa trên sự xuất hiện hoặc không xuất hiện các băng ADN của các dòng nghiên cứu so với giống gốc khi điện di sản phẩm RAPD với các mồi M1, M2, M4, M7, M14 và M18, chúng tôi xác định hệ số đồng dạng di truyền các dòng nghiên cứu so với giống gốc ở mức độ phân tử.
Dựa trên sự xuất hiện hay không xuất hiện các băng ADN của các dòng và giống gốc khi điện di sản phẩm RAPD đã được thống kê, chúng tôi thiết lập mối quan hệ giữa các dòng ở mức độ phân tử. Số liệu được tính toán và phân tích theo
chương trình NTSYSpc version 2.0 (theo quy ước 1: xuất hiện; 0: không xuất hiện) để tìm ra sự sai khác giữa các dòng lúa thông qua biểu đồ hình cây, theo phương pháp tính hệ số di truyền giống nhau và kiểu phân nhóm. Kết quả được trình bày ở bảng 3.10 và hình 3.11.
Bảng 3.10. Hệ số đồng dạng di truyền của các dòng lúa thế hệ R4 và giống gốc XCH XCH R4.06 R4.13 R4.20 R4.24 R4.38 R4.44 XCH 1,0000 R4.06 0,8180 1,0000 R4.13 0,8636 0,8637 1,0000 R4.20 0,7698 0,6604 0,8181 1,0000 R4.24 0,7269 0,7253 0,7921 0,6818 1,0000 R4.38 0,7725 0,7727 0,9091 0,8945 0,7920 1,0000 R4.44 0,6362 0,7268 0,7548 0,6819 0,7273 0,7549 1,0000
Kết quả phân tích bảng 3.10 cho thấy, hệ số tương đồng di truyền của 6 dòng lúa và giống gốc XCH dao động từ 0,6362 - 0,9091 (hệ số sai khác di truyền là 0,0909 - 0,3638). Trong đó, hai dòng có hệ số đồng dạng di truyền cao nhất (0,9091) là R4.13 và R4.38, hai dòng có hệ số đồng dạng di truyền nhỏ nhất (0,6362) là R4.44 và XCH.
Mức độ khác nhau được biểu hiện bằng hệ số sai khác giữa các dòng và giống gốc, hệ số sai khác giữa các dòng và giống gốc dao động từ 0,0909 (1 - 0,9091) đến 0,3638 (1 - 0,6362). Kết quả so sánh sự khác nhau của các dòng nghiên cứu so với giống gốc cho thấy, cả 6 dòng thế hệ R4 và giống gốc đều có hệ số tương đồng di truyền sai khác nhau được chia làm hai nhánh cây: Nhánh một gồm một dòng R4.44 có hệ số sai khác so với giống gốc XCH là 0,3638 (1 - 0,6362) và sai khác so với các dòng khác là 0,073 (0,7549 - 0,6819). Nhánh hai được chia thành 2 nhánh phụ:
- Nhánh phụ một là dòng R4.24, có hệ số sai khác so với giống gốc là 0,2731 (1 - 0,7269)
- Nhánh phụ hai gồm hai nhánh nhỏ, trong đó nhánh nhỏ một gồm dòng R4.06 và giống gốc XCH, dòng R4.06 có hệ số sai khác so với giống gốc là 0,182
(1 - 0,8180), còn nhánh nhỏ hai gồm 3 dòng R4.13, R4.38 và R4.20. Nhánh nhỏ hai chia thành hai nhánh nhỏ, một nhánh nhỏ gồm 2 dòng R4.13 và R4.38, nhánh nhỏ còn lại chỉ có một dòng R4.20. Dòng R4.13 và R4.38 có hệ số sai khác so với giống gốc lần lượt là 0,1364 (1 - 0,8636) và 0,2275 (1 - 0,7725). Đồng thời, hệ số sai khác giữa hai dòng này rất nhỏ 0,0909 (1 - 0,9091).
Hình 3.11 cho thấy, sự khác nhau ở mức độ phân tử được biểu hiện bằng hệ số sai khác giữa các dòng so với giống gốc.
Như vậy, mặc dù chỉ sử dụng 10 mồi ngẫu nhiên để phân tích nhưng cũng chỉ ra sự đa dạng di truyền của cả 6 dòng lúa so với giống gốc.
Sự đa hình các sản phẩm của RAPD là kết quả của sự thay đổi các điểm gắn của mồi (đột biến điểm) hoặc do thay đổi nhiễm sắc thể trong các vùng được nhân bản (thêm đoạn, mất hay đảo đoạn) sẽ gây ra sự thay đổi về kích thước hay ngăn cản sự nhân bản của ADN mẫu. Do đó các đa hình thường được nhận ra do sự có mặt hay vắng mặt của một sản phẩm nhân bản từ một locut. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi phù hợp với những nghiên cứu về chọn dòng chịu hạn, chịu nóng với giống CR203 [21] và chọn dòng chịu lạnh của giống C71 [7].
Hình 3.11. Sơ đồ về mối quan hệ di truyền các dòng thế hệ R4 và giống gốc XCH ở mức độ phân tử khi sử dụng các mồi M1, M2, M4, M7, M14, M18
XCH R4.06 R4.13 R4.38 R4.24 R4.20 R4.44 0,86 0,92 0,72 0,77 0,81 Hệ số giống nhau