Năm 1932, sau khi nhà máy hoá chất Chisso, Nhật Bản đi vào hoạt động thì họ đã dùng luôn vịnh Minamata làm nơi chứa chất thải có chứa thuỷ ngân hữu cơ của nhà máy. Sau nhiều năm tích tụ, môi trường biển đã bị ô nhiễm nghiêm trọng và đây là vụ ô nhiễm môi trường công nghiệp lớn nhất ở Nhật Bản trong thế kỷ XX. Hậu quả là làm cho hàng nghìn người nhiễm độc thuỷ ngân và hàng trăm người khác đến nay vẫn còn ảnh hưởng tới sức khoẻ.
Những người dân ở đây, trước đó ăn cá đánh bát trong vịnh đã phát bệnh. Triệu chứng ban đầu thường gặp là thị lực giảm, nói khó khăn, có các cơn co thắt, những người nặng hơn thì bị co giật, bứt rứt, phát điên và cuối cùng là tử vong.
Theo con số thống kê, trên 900 người đã bị chết và đến tháng 4/1997 có trên 17.000 người được xếp vào diện nhà nước phải cấp giấy chứng nhận "nạn nhân Minamata" và trên 12.000 người khác được ghi nhận nhiễm độc thuỷ ngân.
thường một số tiền là 18 triệu yên. Năm 1996 chính phủ Nhật đã chỉ thị cho công ty Chisso phải bồi thường tiếp 25,8 triệu yên cho 10.353 nạn nhân trước đây chưa được công nhận là nạn nhân và chưa được bồi thường.
Sau hơn 26 năm duy trì lệnh cấm, đầu năm 1998 chính quyền thành phố chisso mới bãi bỏ lệnh cấm và cho phép hoạt động trở lại các dịch vụ đánh bắt cá tại vùng vịnh Minamata, do tình trạng ô nhiễm thuỷ ngân tại khu vực này đã được khắc phục.