Xuất phát từ đặc thù nghề nghiệp, kiểm toán viên có cơ hội tiếp xúc với rất nhiều thông tin nội bộ quan trọng của khách hàng. Khi mà thông tin được xem là tài sản quý báu của doanh nghiệp người làm kiểm toán có nghĩa vụ tôn trọng nguyên tắc bảo mật thông tin về khách hàng, chủ doanh nghiệp mà mình thu thập được trong quá trình làm việc ngay cả trong mối quan hệ gia đình, xã hội. Trách nhiệm bảo mật này được giữ kể cả khi đã kết thúc công việc kiểm toán. Kiểm toán viên chỉ có thể cung cấp thông tin ra bên ngoài nếu nó thuộc trách nhiệm phải báo cáo hay luật pháp yêu cầu hoặc được phép của chủ doanh nghiệp.
Tính bảo mật không chỉ thể hiện ở việc không nói ra thông tin. Bảo mật ở cả hệ thống dữ liệu máy tính, trong hợp đồng kiểm toán… và kiểm toán viên không được sử dụng những thông tin bảo mật này để tư lợi cá nhân. Việc thực hiện tính bí mật mới chỉ diễn ra trên bề nổi trong các quy định, hợp đồng mà chưa thực sự có chế tài xử phạt nghiêm minh nếu vi phạm. Ở Việt Nam, vấn đề này chủ yếu do ý thức tự giác của kiểm toán viên. Việc làm vi phạm tính bảo mật của kiểm toán viên chỉ bị phát hiện khi có sự tố cáo của nhiều người, thậm chí đến khi gây ra ảnh hưởng trọng yếu đến công việc kiểm toán và hoạt động của doanh nghiệp. Hiện nay vẫn chưa có hệ thống kiểm soát yêu cầu bảo mật đối với người hành nghề kiểm toán, do đó rất cần những kiểm toán viên ý thức được tầm quan trọng của việc làm này.