Nguồn neutron đóng vai trò rất quan trọng trong phương pháp kích hoạt neutron. Hai đặc trưng cần phải được đánh giá khi xem xét nguồn neutron là thông lượng và năng lượng của nguồn. Hai nguồn neutron thường được sử dụng trong phương pháp này là nguồn neutron đồng vị và lò phản ứng.
30
Nguồn neutron đồng vị thường là nguồn kết hợp một đồng vị phát alpha với đồng vị Be và neutron được sinh ra từ phản ứng ( ,n). Dù nguồn này nhỏ, chặt, dễ vận chuyển ít tốn kém, thông lượng neutron ổn định nhưng rất thấp nên sản lượng đồng vị phóng xạ sản xuất được cũng thấp. Bộ môn Vật lý hạt nhân, khoa Vật Lý trường Đại Học Khoa Học Tự Nhiên TP.HCM đã tiến hành nhiều nghiên cứu để xem xét khả năng sản xuất đồng vị 99Mo của nguồn neutron đồng vị Am/Be bằng phương pháp chiếu xạ bia MoO3. Kết quả cho thấy, nguồn neutron đồng vị không đủ thông lượng để sản xuất đồng vị 99Mo nên lượng đồng vị phóng xạ sản xuất được rất thấp và đòi hỏi thời gian chiếu xạ cao [1].
Lò phản ứng: nguồn neutron được sinh ra từ phản ứng phân hạch của uranium. Phần lớn lò phản ứng cho thông lượng neutron lớn từ 1011-1012 (n.cm-2.s-1) nên là nguồn neutron chính cho việc sản xuất đồng vị phóng xạ. Hiện nay, đồng vị 99
Mo chủ yếu được sản xuất ở 6 lò phản ứng chính trên thế giới: HFR ở Netherlands, NRU ở Canada, BR2 ở Africaa, Osiris ở Pháp và Maria ở Hà Lan. Các lò phản ứng này chủ yếu sản xuất đồng vị 99
Mo từ phản ứng phân hạch uranium được làm giàu [20].