Để có thể nâng cao hiệu quả tranh chấp của Toà án kinh tế, trớc hết cần phải nâng cao trình độ chuyên môn của cán bộ Toà án kinh tế, đặc biệt là ở các Toà án địa phơng (cấp tỉnh, huyện).
Toà án nhân dân các cấp trong quá trình thụ lý và giải quyết các vụ án kinh tế trong những năm vừa qua về cơ bản là thực hiện đứng thẩm quyền luật định. Tuy nhiên cũng có không ít trờng hợp toà án nhân dân thụ lý sai thẩm quyền và tiến hành hoà giải không thành và ra quyết định công nhận sự thoả thuận của các đơng sự thiếu căn cứ và không phù hợp pháp luật. Nguyên nhân của những vấn đề này một phần là do các cán bộ của Toà án các cấp, những ngời đứng ra đảm bảo pháp luật đợc thực hiện lại không nắm vững pháp luật hoặc vì lý do nào đó mà đã thực hiện trái pháp luật. Muốn nâng cao hiệu quả giải quyết tranh chấp của toà án thì trớc hết phải giảm một cách tối đa những trờng hợp nh vậy.
Giải quyết tranh chấp HĐKT bằng Toà án hiện nay vẫn còn gặp nhiều trở ngại khác. Tổng kết hai năm hoạt động của toà án kinh tế các cấp cho thấy số vụ việc mà Toà án giải quyết giảm đi rất nhiều so với số vụ mà trọng tài kinh tế giải quyết trớc đây. Ví dụ trong năm 1995 Toà án giải quyết 334 vụ án kinh tế (trong đó tranh chấp HĐKT chiếm phần lớn). Con số này chỉ t- ơng đơng với 1/10 số vụ việc mà trọng tài kinh tế gải quyết trớc đây.
Nguyên nhân chủ yếu của thực tế này là ở Việt Nam hiện nay, các doanh nghiệp cha quen tác phong đa các tranh chấp HĐKT ra Toà án giải quyết, mà thờng coi đây là vấn đề rất nặng nề, kiện nhau đến Toà là việc làm
bất đắc dĩ, hết tình nghĩa với nhau. Họ cho rằng toà án là cơ sở xét xử đối với những việc làm phạm pháp chứ không coi đó là nơi giải quyết tranh chấp hoặc vi phạm về HĐKT. Trong thực tế, các bên tranh chấp đã dựa vào nhiều các thế lực khác để giải quyết tranh chấp nh nhờ cơ quan công an, Viện kiểm soát kể cả dùng những biện pháp nh khởi tố, truy tố, bắt giam để thu hồi nợ... Có khi các chi phí không chính thức mà các doanh nghiệp phải trả để các cơ quan công an, Viện kiểm sát giải quyết vụ việc cho mình còn tốn kém hơn cả các chi phí phải bỏ ra khi đa vụ việc ra cơ quan có thẩm quyền giải quyết (Toà án, trọng tài) nhng nó có u điểm là nhanh, hiệu quả, không bị phiền hà, không bị phê phán về những sai sót về phía mình, không cần công khai việc tranh chấp.
Mặt khác, thủ quyết giải quyết tranh chấp kinh tế của Toà án kinh tế hiện nay còn nhiều phiền phức, chậm trễ, không gắn với hiệu quả. Từ thủ tục nộp đơn, tạm ứng án phí, cung cấp các chứng lý, làm việc, đối chất, hoà giải , phiên toà sơ thẩm, phiên toà phúc thẩm và nhiều việc khác và nhiều khi giám đốc thẩm có khi kéo dài tới hàng năm, cuối cùng xét xử xong lại phải chuyển sang bộ phận thi hành án. Khi đã chuyển sang bộ phận này rồi, lúc nào thi hành còn tuỳ thuộc vào cơ quan thi hành án. Với thời gian nh vật, đối phơng có khi cũng không còn tài sản để thu mà thiệt hại phát sinh thì không biết tới mức nào.
Để cải thiện tình hình và nâng cao hiệu quả giải quyêt tranh chấp cảu mình, Toà án cần phải xây dựng một đội ngũ cán bộ giải quyết tranh chấp có kiến thức về pháp luật và kinh tế, công tâm đức độ, có thể đáp ứng tốt những yêu cầu thực tại của xã hội.