KTNN chuyên ngành I: là đơn vi ̣ trực thuô ̣c KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiê ̣n kiểm toán báo cáo tài chính đối với các cơ quan, đơn vi ̣ hoa ̣t đô ̣ng trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh thuô ̣c pha ̣m vi, thẩm quyền kiểm toán của KTNN và theo nô ̣i dung kiểm toán được quy đi ̣nh ta ̣i Nghi ̣ quyết số 1011/2006/NQ-UBTVQH11 ngày 30/3/2006 của Uỷ ban Thường vu ̣ Quốc hô ̣i khoá 11 về kiểm toán theo quy trình riêng đối với mô ̣t số hoa ̣t đô ̣ng thuô ̣c lĩnh vực quốc phòng, an ninh (sau đây go ̣i tắt là Nghi ̣ quyết số 1011/2006/NQ-UBTVQH11); kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoa ̣t đô ̣ng đối với mô ̣t số lĩnh vực khác theo sự phân công của Tổng KTNN.
KTNN chuyên ngành II: là đơn vi ̣ trực thuô ̣c KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiê ̣n kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoa ̣t đô ̣ng trong viê ̣c quản lý, sử du ̣ng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các bô ̣, cơ quan ngang bô ̣, cơ quan thuô ̣c Chính phủ và các cơ quan trung ương khác (sau đây go ̣i tắt là các bô ̣, ngành trung ương) thuô ̣c khối tổng hợp, kinh tế và nô ̣i chính; kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm.
KTNN chuyên ngành III: là đơn vi ̣ trực thuô ̣c KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiê ̣n kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoa ̣t đô ̣ng trong viê ̣c quản lý, sử du ̣ng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các bô ̣, cơ quan ngang bô ̣, cơ quan thuô ̣c Chính phủ và các cơ quan trung ương khác (sau đây go ̣i tắt là các bô ̣, ngành trung ương) thuô ̣c khối khoa ho ̣c – công nghê ̣, giáo du ̣c - đào ta ̣o, y tế, văn hoá - xã hô ̣i, thể du ̣c, thể thao, thông tin - tuyên truyền; khối tổ chức chính tri ̣, tổ chức chính tri ̣ - xã
hô ̣i, tổ chức chính tri ̣ - xã hô ̣i - nghề nghiê ̣p, tổ chức xã hô ̣i - nghề nghiê ̣p có sử du ̣ng kinh phí ngân sách nhà nước; các hô ̣i, liên hiê ̣p hô ̣i, tổng hô ̣i và các tổ chức khác được ngân sách nhà nước hỗ trợ mô ̣t phần kinh phí.
KTNN chuyên ngành IV: là đơn vi ̣ trực KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiê ̣n các nhiê ̣m vu ̣ sau đây:
* Kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoa ̣t đô ̣ng trong quản lý, sử du ̣ng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước ở các công trình, dự án đầu tư của các bô ̣, cơ quan ngang bô ̣, cơ quan thuô ̣c Chính phủ (sau đây go ̣i tắt là các bô ̣, ngành trung ương) có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: giao thông - vâ ̣n tải, công nghiê ̣p, bưu chính - viễn thông, thương ma ̣i, du li ̣ch hoă ̣c do các đơn vi ̣ thuô ̣c các bô ̣, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý làm chủ đầu tư;
* Kiểm toán các chương trình mu ̣c tiêu quốc gia thuô ̣c pha ̣m vi kiểm toán của đơn vi ̣;
* Kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoa ̣t đô ̣ng trong quản lý, sử du ̣ng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các doanh nghiê ̣p nhà nước hoa ̣t đô ̣ng chủ yếu trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản do các bô ̣, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý;
* Chuẩn bi ̣ ý kiến của KTNN về các dự án, công trình quan tro ̣ng quốc gia thuô ̣c pha ̣m vi kiểm toán của đơn vi ̣ để Tổng KTNN trình Quốc hô ̣i.
KTNN chuyên ngành V: Là đơn vị KTNN chuyên ngành thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán các công trình, dự án đầu tư do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, xây dựng, thông tin, tuyên truyền, y tế, giáo dục, văn hóa – xã hội, thể dục – thể thao, khoa học – công nghệ, tài nguyên – môi trường là chủ đầu tư học các đơn vị do các cơ quan nhà nước kể trên quản lý là chủ đầu tư; thẩm định dự án, công trình quan trọng quốc gia là do Quốc hội quyết định thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị; chủ trì kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia và các khoản vay nợ, viện trợ Chính phủ thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị.
KTNN chuyên ngành VI: là đơn vi ̣ trực thuô ̣c KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo tài chính của các DNNN do Thủ tướng Chính phủ thành lâ ̣p và các DNNN do các bô ̣, cơ quan ngang bô ̣, cơ quan thuô ̣c Chính phủ và các cơ quan khác ở trung ương (sau đây go ̣i tắt là các bô ̣, ngành trung ương) là đa ̣i diê ̣n chủ sở hữu vốn ta ̣i doanh nghiê ̣p (trừ các doanh nghiê ̣p nhà nước hoa ̣t đô ̣ng trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản, tài chính, tín du ̣ng, bảo hiểm, di ̣ch vu ̣ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán do các bô ̣, ngành trung ương trực tiếp quản lý).
KTNN chuyên ngành VII: là đơn vi ̣ trực thuô ̣c KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo quyết toán ngân sách, báo cáo tài chính của Ngân hàng Nhà nước, các quỹ tài chính tâ ̣p trung của Nhà nước, các tổ chức tài chính, tín du ̣ng, các DNNN hoa ̣t đô ̣ng trong lĩnh vực tài chính, tín du ̣ng, bảo hiểm, di ̣ch vu ̣ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán.