Theo Nghị quyết số 916/2005/NQ-UBTVQH11 ngày 15/09/2005 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về cơ cấu tổ chức của KTNN thì bộ máy điều hành của KTNN Việt Nam gồm có sáu vụ tham mưu chức năng và cho đến nay thì bộ máy KTNN Việt Nam vẫn có sáu vụ đó.
Văn phòng KTNN: là đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của KTNN có chức năng tham mưu cho Tổng KTNN; tổ chức thực hiện công tác hành chính, quản trị, hợp tác quốc tế, tài chính – kế toán, thi đua và thông tin tuyên truyền.
Vụ Tổ chức Cán bộ: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng
KTNN quản lý về lĩnh vực tổ chức bộ máy của KTNN; quản lý cán bộ, công chức; quản lý công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức.
Vụ Tổng hợp: là đơn vị thuộc KTNN có chức năng tham mưu cho Tổng KTNN về công tác tổng hợp, điều hành kế hoạch công tác chung của toàn ngành; lập kế hoạch kiểm toán, quản lý hoạt động kiểm toán, thẩm định và xét duyệt báo cáo kiểm toán trước khi trình Tổng KTNN ký công bố, tổng hợp và lập báo cáo kết quả kiểm toán năm của toàn ngành, tổ chức công bố công khai báo cáo kiểm toán; là đầu mối quan hệ công tác giữa KTNN với Quốc hội và Chính phủ.
Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán: là đơn vị thuộc KTNN có chức năng tham mưu cho Tổng KTNN về công tác xây dựng và ban hành các văn bản về quy trình, chuẩn mực và phương pháp chuyên môn nghiệp vụ KTNN và chỉ đạo triển khai áp dụng trong hoạt động KTNN.
Vụ Pháp chế: là đơn vị thuộc KTNN có chức năng tham mưu giúp Tổng KTNN về công tác quản lý Nhà nước bằng pháp luật trong tổ chức và hoạt động của KTNN; tổ chức thực hiện công tác xây dựng pháp luật; thẩm định, rà soát, hệ thống hóa văn bản quy phạm pháp luật; phổ biến, giáo dục pháp luật và kiểm tra việc thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật về KTNN; thực hiện quyền thanh tra trong phạm vi quản lý của KTNN theo quy định của pháp luật về thanh tra.
Vụ Quan hệ quốc tế: là đơn vị thuộc KTNN có chức năng tham mưu cho Tổng KTNN quản lý thống nhất các hoạt động quan hệ hợp tác quốc tế về lĩnh vực KTNN; thực hiện hợp tác quốc tế về lĩnh vực KTNN của KTNN; tổ chức thực hiện công tác đối ngoại của KTNN; quản lý các chương trình, dự án hợp tác quốc tế do KTNN thực hiện.