• Chọn thời đoạn hiệu chỉnh: Hầu hết các mô hình môi trường hoặc mô hình thủy văn đều có yếu tố chuỗi thời gian tương ứng với các dữ liệu quan trắc. Trước tiên người thực hiện mô hình phải xem xet tổng thời gian quan trắc và chia khoảng thời gian này ra làm 2 thời đoạn: thời đoạn thứ nhất với chuỗi số liệu dài hơn để làm Hiệu chỉnh (carlibration) và thời đoạn thứ hai ngắn hơn để làm việc kiểm nghiệm (verification). Trong một số trường hợp, người ta có thể chia đều hai thời đoạn: 50% thời đoạn cho bước hiệu chỉnh và 50% cho thời đoạn kiệm nghiệm mô hình. Việc chọn lựa thời đoạn hiệu chỉnh để chạy bài toán mô hình cần phải theo mục tiêu của vấn đề là cần kết quả gì ở đầu ra của mô hình. Ví dụ khi làm mô hình dự báo lũ thì thời đoạn hiệu chỉnh phải chứa thời gian mà các đỉnh lũ trong
lịch sử đã xảy ra. Trường hợp làm mô hình thể hiện dòng chảy môi trường
(environmental flow), thì thời đoạn hiệu chỉnh phải có chứa những thời kỳ dòng chảy thấp trong mùa kiệt.
• Hiệu chỉnh sơ bộ: Đây là bước thử ban đầu để xem thử các thông số mô hình đã chọn có “nhạy” với kết quả mô hình hay không? Thông thường, việc hiệu chỉnh sơ bộ theo bảng hướng dẫn của mô hình có sẵn hoặc từ quan sát thực tế. Việc hiệu chỉnh sơ bộ được xem như một bước làm bắt buộc nhằm định lại:
+ Giá trị ban đầu thực tế cho các thông số
+ Chiều dài (hay bước tính) “lý tưởng” để mô hình tìm kiếm giá trị tốt nhất của thông số. Nếu chọn bước tính quá ngắn sẽ làm gia tăng số lần tính toán, nếu chọn bước tính quá dài sẽ tạo ra sự vượt quá hay cường điệu hóa khi tìm giá trị tối ưu.
+ Thử xác định khoảng giới hạn (giới hạn trên và giới hạn dưới) của các thông số. Mục đích của việc này nhằm giới hạn khả năng sự thất bại của mô hình khi tạo ra các giá trị phi thực tế hay trị vượt quá thực tế.
• Hiệu chỉnh tinh tế: Hiệu chỉnh tinh tế là làm nhuyễn ở mức chi tiết các kết quả ở đầu ra qua việc điều chỉnh vi cấp (fine tuning) các thông số mô hình. Một số sách hướng dẫn mô hình có thể cho khuyến cáo hoặc một số mô hình có thể tạo ra tiến trình tự động hiệu chỉnh để có một kết quả tốt nhất có thể đạt được.