Các hạn chế trong quá trình áp dụng hệ thống QLCL theo tiêu chuẩn ISO đều xuất phát từ những nguyên nhân sâu xa sau:
• Công ty chưa quan tâm thích đáng đến vai trò của cơ sở hạ tầng trong hệ thống đánh giá chất lượng. Phòng hóa nghiệm còn thiếu được trang bị, trong nhiều năm liền trở lại đây, nó chưa hề được đầu tư thêm gì. Hơn nữa, trong khi kiểm tra cảm quan thành phẩm thuốc lá điếu, Công ty tổ chức cuộc bình hút ngay tại phòng họp. Điều này đòi hỏi Công ty phải quan tâm hơn nữa về tác động của cơ sở hạ tầng đến việc kiểm tra chất lượng.
Ngoài ra, PX bao mềm máy móc thiết bị còn quá lạc hậu ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm cuối cùng do Công ty chỉ chú trọng đầu tư cho PX Bao cứng để sản xuất những mặt hàng có lợi nhuận cao, phục vụ cho xuất khẩu.
•Việc sử dụng nhiều chỉ tiêu cảm quan dẫn đến chất lượng được kết luận không thật sự chính xác là do: Công ty còn chưa có những thiết bị đánh giá đủ trình độ tiên tiến để có thể thay thế, giảm bớt việc sử dụng cảm quan.
Việc phải thuê ngoài do tự Công ty không xác định được hết các chỉ tiêu chất lượng sản phẩm thuốc lá cũng không năm ngoài nguyên nhân về sự chưa hoàn thiện của phòng hóa nghiệm đã nêu trên.
• Mặt hàng thuốc lá sẽ dần dần đi đến hạn chế sử dụng. Nhà nước có xu hướng không mở rộng qui mô của các đơn vị sản xuất thuốc lá trong cả nước. Nên việc đầu tư máy móc thiết bị, hỗ trợ vốn sẽ bị cắt giảm. Vì vậy đối với Thuốc lá Thanh Hóa - một Công ty sử dụng 100% vốn Nhà nước, việc đầu tư, đổi mới nâng cao chất lượng sản phẩm là vấn đề khó khăn, không thể làm ngay tức khắc được.
•Nguyên nhân dẫn đến thói quen làm việc theo lề lối cũ là do bản thân người lao động chưa nhận thức được trách nhiệm, nghĩa vụ cũng như quyền lợi
của mình trong việc tham gia quá trình QLCL. Một số cá nhân còn vướng phải tâm lí gánh thêm việc , hạn chế quyền hạn lợi ích nên phản ứng lại bằng cách làm việc theo lề lối thiếu khoa học. Vì vậy cần thiết phải thực hiện các họat động đổi mới nâng cao nhận thức cho CBCNV.
•Nguyên nhân cho sự hạn chế trong vai trò lãnh đạo của ban lãnh đạo Công ty là do một số đồng chí vẫn còn những sai lầm trong nhận thức về hệ thống QLCL dẫn đến chưa thấy được một cách đầy đủ vai trò của mình với việc áp dụng thành công hệ thống tiêu chuẩn ISO 9001:2000. Đôi khi lãnh đạo chưa quan tâm đúng mức đến hành động phòng ngừa mà chỉ là truy lỗi. Sự chểnh mảng của lãnh đạo một số bộ phận còn khiến cho việc thông tin nội bộ không được cập nhật, thông suốt giữa các phòng ban gây thiệt hại cho Công ty. Sự chểnh mảng của Lãnh đạo gây ra thái độ không nghiêm túc của nhân viên trong việc thực hiện công việc theo đúng qui trình.
• Tính chi phí chất lượng là một hoạt động còn ít được áp dụng rộng rãi ở Việt Nam, nó đòi hỏi rất nhiều hoạt động hỗ trợ chi tiết và khó để thực hiện, phải bóc tách những chi phí ẩn. Công ty Thuốc lá Thanh Hóa không là ngoại lệ, và còn vì nó là một Công ty vốn Nhà nước nên việc bóc tách chi phí ẩn còn rất nan giải và gây nhiều phiền toái đến bộ máy lãnh đạo Công ty.