Dựa trên sự xuất hiện hoặc biến mất các băng ADN của các dòng nghiên cứu so với giống gốc khi điện di sản phẩm RAPD với các mồi M2, M4, M7, M8, M10 và M14, chúng tôi xác định hệ số đồng dạng di truyền các dòng nghiên cứu so với giống gốc ở mức độ phân tử.
Dựa trên sự xuất hiện hay không xuất hiện các băng ADN của các dòng khi điện di sản phẩm RAPD đã được thống kê, chúng tôi thiết lập mối quan hệ giữa các dòng ở mức độ phân tử. Số liệu được tính toán và phân tích theo chương trình NTSYSpc version 2.0 (theo quy ước 1: xuất hiện; 0: không xuất hiện) để tìm ra sự sai khác giữa các dòng lúa thông qua biểu đồ hình cây, theo phương pháp tính hệ số di truyền giống nhau (DICE) và kiểu phân nhóm (UPGMA). Kết quả được trình bày ở bảng 3.16 và hình 3.16.
Bảng 3.16. Hệ số đồng dạng di truyền của các dòng của thế hệ R1 và giống gốc XCH XCH D05 D26 D32 D36 D45 XCH 1.0000 D05 0,5472 1,0000 D26 0,7736 0,6604 1,0000 D32 0,7358 0,7359 0,9245 1,0000 D36 0,7169 0,7548 0,8302 0,7925 1,0000 D45 0,8302 0,6038 0,8679 0,8301 0,8113 1,0000
Bảng 3.16 cho thấy, hệ số tương đồng di truyền của 5 dòng lúa nghiên cứu và giống gốc XCH dao động từ 0,5472 - 0,9245. Hệ số tương đồng thấp nhất khi so sánh giữa D05 với XCH, cặp giống nhau nhất là D26 với D32. Kết quả so sánh sự khác nhau của các dòng nghiên cứu so với giống gốc cho thấy, cả 5 dòng thế hệ R1 và giống gốc đều có hệ số tương đồng di truyền sai khác nhau được chia làm hai
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
nhánh cây: Nhánh một gồm một dòng D05 có hệ số sai khác so với giống gốc XCH là 0,4528 (1 - 0,5472) và sai khác so với các dòng khác là 0,0566 (0,6604 - 0,6038). Nhánh hai được chia thành 2 nhánh phụ:
- Nhánh phụ một chính là giống gốc XCH.
- Nhánh phụ hai gồm hai nhánh nhỏ, trong đó nhánh nhỏ một gồm 3 dòng D26, D32, D45, còn nhánh nhỏ hai chỉ có một dòng D36. Trong đó hai dòng D26, D32 có hệ số sai khác so với giống gốc lần lượt là 0,2264 (1 - 0, 7736) và 0,2831 (1 - 0,7358). Đồng thời, hệ số sai khác giữa hai dòng này rất nhỏ 0,0755 (1 - 0,9245).
Hình 3.16. Sơ đồ so sánh các dòng thế hệ R1 và giống gốc XCH ở mức độ phân tử khi sử dụng các mồi M2, M4, M7, M8, M10, M14
Hình 3.16 cho thấy, sự khác nhau ở mức độ phân tử được biểu hiện bằng hệ số sai khác giữa các dòng so với đối chứng.
Như vậy, mặc dù chỉ sử dụng 10 mồi ngẫu nhiên để phân tích nhưng cũng chỉ ra sự đa dạng di truyền của cả 5 dòng lúa so với giống gốc .
Sự đa hình các sản phẩm của RAPD là kết quả của sự thay đổi các điểm gắn của mồi (đột biến điểm) hoặc do thay đổi nhiễm sắc thể trong các vùng được nhân bản (thêm đoạn, mất hay đảo đoạn) sẽ gây ra sự thay đổi về kích thước hay ngăn cản sự nhân bản của ADN mẫu. Do đó các đa hình thường được nhận ra do sự có
XCH D05 D32 D45 D36 D26 0,66 0,73 0,80 0,86 0,92 Hệ số đồng dạng
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
mặt hay vắng mặt của một sản phẩm nhân bản từ một locus. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi phù hợp với những nghiên cứu về chọn dòng chịu hạn, chịu nóng với giống CR203 [27] và chọn dòng chịu lạnh của giống C71 [8]. Các nghiên cứu gần đây cũng chỉ ra rằng, kỹ thuật RAPD đã và đang được sử dụng để xác định các đặc tính của cây có nguồn gốc từ nuôi cấy mô tế bào.