Tất nhiên việc tổ chức quản lý hợp đồng không thuộc quy trình nghiệp vụ nhập khẩu hàng hoá của công ty nhưng công việc này sẽ gây nhiều khó khăn nếu nó không được chuẩn bị tốt hay chưa khoa học. Đó là khó khăn trong công việc sửa chữa và cập nhật chi tiết và theo dõi tiến bộ thực hiện của hợp đồng. Để khắc phục nhược điểm này công ty nên có một nhân viên chuyên phụ trách hợp đồng. Sự chuyên môn hoá này tạo điều kiện thuận tiện trong việc quản lý, số hợp đồng mà một cá nhân phụ trách không nhiều, do đó họ nắm chắc các khoản mục trong hợp đồng. Nhờ vậy các thông tin nhầm lẫn được hạn chế đi rất nhiều, thậm chí có thể loại bỏ hoàn toàn. Hơn nữa, khi hợp đồng có trục trặc thì công ty dễ dàng quy thuộc trách nhiệm của ai, từ đó có biện pháp xử lý và rút kinh nghiệm.
Để chuyên môn hoá nhân viên phụ trách hợp đồng của công ty cần dựa vào số lượng hợp đồng được thực hiện trong cùng một thời gian và số lượng nhân viên có đủ trình độ nghiệp vụ để trách nhiệm theo dõi hợp đồng đó, khả năng của từng người. Từ đó công ty có thể xác định được mỗi nhân viên phụ trách bao nhiêu hợp đồng. Những nhân viên có trình độ nghiệp vụ giỏi, có kinh nghiệm sẽ phụ trách những hợp đồng có giá trị lớn, thời gian thực hiện ngắn hơn. Bên cạnh đó, công ty nên sắp xếp các hợp đồng theo một trật tự nhất định tạo điều kiện theo dõi, tìm kiếm dễ dàng, khoa học, đỡ tốn thời gian công sức, tránh được nhầm lẫn. Công ty có thể dựa vào các tiêu chí sau để sắp xếp các hợp đồng một cách trật tự:
+ Theo thời gian ký kết hợp đồng ngoại thương: Hợp đồng của lô hàng nhập khẩu nào được ký kết trước thì được sắp xếp lên trước. Vì những hợp đồng này sẽ nhận được các yêu cầu tu chỉnh chi tiết hợp đồng từ phía đối tác trước, yêu cầu mở và tu chỉnh L/C từ phía đối tác và ngân hàng trước so với những hợp đồng được ký kết sau.
+ Theo thời gian hoàn thành hợp đồng uỷ thác: Không hẳn là bất kỳ lô hàng nhập khẩu nào có hợp đồng được ký kết trước cũng được thực hiện trước. Nếu hai lô hàng có thời gian ký kết hợp đồng gần nhau thì lô hàng nào phải hoàn thành hợp đồng uỷ thác trước sẽ được ưu tiên thực hiện trước, do đó sẽ được sắp xếp lên trước.
Việc tổ chức quản lý hợp đồng một cách khoa học hợp lý, sẽ tạo rất nhiều điều kiện thuận lợi cho công ty. Nó giảm bớt những khâu công việc không cần thiết, những thời gian nhầm lẫn, sửa chữa không đáng có.