Để tránh mất thời gian trong khâu làm thủ tục hải quan, công ty nên chuẩn bị đầy đủ các giấy tờ về lô hàng nhập khẩu mà cơ quan hải quan yêu cầu. Bộ hồ sơ này phải đầy đủ số lượng và chất lượng, chủng loại cần thiết. Việc kê khai hàng hoá phải đảm bảo đúng theo quy định của biểu thuế, để thuận lợi, nhanh chóng trong khâu kiểm hoá. Do đó công ty nên có một cán bộ chuyên phụ trách về vấn đề này nhằm tiết kiêm thời gian và chi phí cần thiết.
Cán bộ làm thủ tục hải quan sẽ chịu trách nhiệm về toàn bộ thủ tục, giấy tờ liên quan đến lô hàng nhập khẩu. Anh ta có mối liên hệ thường xuyên với bộ phận hải quan để luôn cập nhật mọi thông tin, những diễn biến tình hình, hay những thay đổi liên quan đến lô hàng. Cán bộ này cũng phải luôn nghiên cứu tìm hiểu những quy định mới liên quan đến thủ tục hải quan: như danh mục hàng hoá cấm xuất nhập khẩu, danh mục hàng hoá miễn thuế, miễn kiểm tra…
Công ty cũng nên áp dụng hình thức thông quan điện tử để tiết kiệm thời gian và công sức.
Hiện nay, nhà nước cũng có quy định về cấp thẻ ưu tiên làm thủ tục hải quan, cho doanh nghiệp. Thẻ chỉ có giá trị trong 6 tháng, và không áp dụng cho làm thủ tục hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu uỷ thác. Trong thời gian trước
mắt, công ty cố gắng hoàn thiện tốt thủ tục hải quan, để được xem xét đưa vào danh sách những doanh nghiệp được cấp thẻ ưu tiên làm thủ tục hải quan vì như vậy thủ tục hải quan sẽ được đơn giản hoá, và đẩy mạnh quá trình lên rất nhiều.