CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN
3.1. MẬT ĐỘ PHÂN BỐ CỦA CÁC TRIMER TRONG CÁC TRÌNH TỰ
3.1.1. Xác định vị trí các điểm khởi đầu và kết thúc sao chép trên nhiễm sắc thể Vị trí khởi đầu và kết thúc sao chép trên trình tự nhiễm sắc thể đƣợc xác định nhƣ trong Mục 2.2.1. Kết quả cho một số loài đƣợc trình bày trong Bảng 3.1.
Bảng 3.1. Vị trí các điểm khởi đầu và kết thúc sao chép ở các nhiễm sắc thể.
Stt Loài Nhiễm sắc thể Mã số truy cập Chiều
dài (bp)
Vị trí khởi đầu sao chép
Vị trí kết thúc sao chép
1 B. mallei ATCC 23344 1 NC_006348 3510148 3348541 1077571
2 NC_006349 2325379 2313376 1076476
2 B. mallei SAVP1 1 NC_008785 3497479 3430558 1423280
2 NC_008784 1734922 1165249 20809
3 B. pseudomallei 1026b 1 NC_017831 4092668 4092001 1865953
2 NC_017832 3138747 3138001 1440343
4 B. pseudomallei 668 1 NC_009074 4413616 391200 1956001
2 NC_009075 3700833 3127001 1538485
5 B. thailandensis E264 1 NC_007651 3809201 3810 2647256
2 NC_007650 2914771 1 1553163
6 Burkholderia sp. YI23
1 NC_016589 3131280 3118477 1437130 2 NC_016625 1773019 1510597 767710 3 NC_016590 1569570 1291288 483253
7 B. multivorans ATCC 17616
1 NC_010084 3448466 3441104 1692969
2 NC_010086 2472928 1 1307689
3 NC_010087 919806 919001 345001
8 B. cenocepacia AU 1054
1 NC_008060 3294563 3287413 1357129 2 NC_008061 2788459 2436713 1120777 3 NC_008062 1196094 383917 997465
9 B. glumae BGR1 1 NC_012724 3906507 3906001 1929565
2 NC_012721 2827333 2810039 1385231
10 B. gladioli BSR3 1 NC_015381 4077097 61783 2418325
2 NC_015376 2966498 3701 1924001
11 B. ambifaria AMMD
1 NC_008390 3556545 64009 1770889 2 NC_008391 2646969 2005669 706483 3 NC_008392 1281472 570046 1240009
37
12 B. lata 383
1 NC_007510 3694126 84963 20002149 2 NC_007511 3587082 3587001 1779153
3 NC_007509 1395069 1 669601
13 B. rhizoxinica HKI 454 1 NC_014722 2755309 115711 1479436
14 B. phymatum STM815 1 NC_010622 3479187 3437253 121130
2 NC_010623 2697374 1148923 2629576
15 B. xenovorans LB400
1 NC_007951 4895836 24476 2491556
2 NC_007952 3363523 1 1694953
3 NC_007953 1471779 1472 716378
16 Burkholderia sp. CCGE1003 1 NC_04539 4077097 3472267 1822325
2 NC_04540 2966498 1934379 754564
Sau đó, replichore thứ nhất (R1) đƣợc xác định từ điểm khởi đầu sao chép tới điểm kết thúc sao chép, và replichore thứ hai (R2) đƣợc xác định từ điểm kết thúc sao chép tới điểm khởi đầu sao chép của nhiễm sắc thể.
3.1.2. Mật độ trimer trong các trình tự protein sense và antisense trên các replichore
Các trình tự protein sense (S) và antisense (AS) đƣợc trích xuất từ các replichore R1 và R2, tạo thành các nhóm trình tự R1-S (gồm các trình tự protein sense trên R1), R1-AS (gồm các trình tự protein antisense trên R1), R2-S (gồm các trình tự protein sense trên R2) và R2-AS (gồm các trình tự protein antisense trên R2). Mật độ trimer trong các nhóm trình tự này đƣợc xác định nhƣ trong Mục 2.2.4. Kết quả xác định mật độ phân bố của các trimer trong các trình tự protein sense và antisense trên hai replichore của tất cả các nhiễm sắc thể của 29 loài vi khuẩn thuộc họ Burkholderiaceae (Hình 2.1) cho thấy nhiễm sắc thể của các vi khuẩn luôn bảo tồn tính tương đồng giữa mật độ trimer trong các trình tự protein sense trên một replichore và mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense trên replichore kia. Hình 3.1 và Hình 3.2 biểu thị mật độ phân bố của các trimer và trimer BSĐN tương ứng trong các nhóm trình tự R1-S, R1-AS, R2-S và R2-AS của hai nhiễm sắc thể của vi khuẩn B. mallei ATCC23344. Các Phụ lục 8-11 biểu thị mật độ phân bố của các trimer và trimer BSĐN tương ứng trong các nhóm trình tự R1-S, R1-AS, R2-S và R2-AS của một số loài khác.
38
Hình 3.1. Mật độ phân bố trimer trong các trình tự protein sense và antisense của nhiễm sắc thể 1 của vi khuẩn B. mallei ATCC23344.
Hình 3.2. Mật độ phân bố trimer trong các trình tự protein sense và antisense của nhiễm sắc thể 2 của vi khuẩn B. mallei ATCC23344.
Trên mỗi nhiễm sắc thể, mật độ của trimer trong các trình tự protein sense trên R1 (đường liền nét màu đỏ) xấp xỉ bằng mật độ của trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense trên R2 (đường đứt nét màu xanh lá cây). Đồng thời, mật độ của trimer trong các trình tự protein sense trên R2 (đường liền nét màu hồng) xấp xỉ bằng mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense trên R1 (đường đứt nét màu xanh nõn chuối), mật độ của trimer trong các trình tự protein antisense trên R1 (đường liền nét màu xanh dương đậm) xấp xỉ bằng mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense trên R2 (đường đứt nét màu vàng), và mật độ của trimer trong các trình tự protein antisense trên R2 (đường liền nét màu xanh dương nhạt) xấp xỉ bằng mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense trên R1 (đường đứt nét màu cam).
39
Do sự tương đồng giữa mật độ trimer trong các trình tự protein sense (hoặc antisense) trên hai replichore của một nhiễm sắc thể luôn đƣợc bảo tồn nhƣ thế, cho nên chúng tôi tiến hành so sánh mật độ trimer trong các trình tự protein sense và antisense trên từng replichore giữa các loài vi khuẩn với nhau để đánh giá mức độ khác nhau về mật độ phân bố của các trimer trong các trình tự này giữa các loài.