CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN
3.2. MỨC ĐỘ THAY ĐỔI MẬT ĐỘ TRIMER TRONG CÁC TRÌNH TỰ
3.2.1. Mức độ thay đổi mật độ phân bố trimer trong quá trình tiến hóa của các vi khuẩn
khuẩn
Trong nhánh I ở Hình 2.1, loài B. rhizoxinica HKI 454 ở gần vi khuẩn tổ tiên nhất. Chúng tôi lập tỉ số giữa các mật độ trimer trong các trình tự protein sense (hoặc antisense) trên từng replichore của vi khuẩn này và của một trong những vi khuẩn khác thuộc nhánh I. Chúng tôi ngẫu nhiên chọn vi khuẩn B. lata 383, B. thailandensis E264, B. pseudomallei 1026b, B. mallei SAVP1 và B. mallei ATCC23344. Sau khi tính logarith cơ số 10 của các tỉ số này, chúng tôi xác định đƣợc các trimer có mật độ tăng lên (giá trị logarith dương) và các trimer có mật độ giảm đi (giá trị logarith âm) (Hình 3.3, 3.4, 3.5, 3.6 và 3.7) khi các vi khuẩn tiến hóa ra xa B. rhizoxinica HKI 454.
Hình 3.3. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. rhizoxinica HKI 454 và B. lata 383.
40
Hình 3.3A cho thấy, so với loài B. rhizoxinica HKI 454, mật độ trimer trên R1 của loài B. lata 383 có thay đổi tăng lẫn thay đổi giảm, tuy nhiên số trimer có mật độ thay đổi tăng (log10(MTB/MTA) > 0) ít hơn so với số trimer có mật độ thay đổi giảm (khi log10(MTB/MTA) < 0). Trong đó, thay đổi tăng nhiều nhất là trimer GAG trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh dương đậm) và trimer BSĐN của nó, CTC, trong các trình tự protein sense (cột màu cam). Trong các trình tự protein sense, mật độ của GAG giảm đi (cột màu đỏ), và trong các trình tự protein antisense, CTC cũng giảm đi (cột màu xanh nõn chuối), tuy nhiên ở các mức ít hơn. Các trimer thay đổi giảm nhiều nhất gồm có TTA và CTA trong các trình tự protein sense (các cột màu đỏ), và các trimer BSĐN tương ứng của chúng, TAA và TAG, trong các trình tự protein antisense (các cột màu xanh nõn chuối). Sự thay đổi giảm của TTA và CTA trong các trình tự protein antisense (các cột màu xanh dương đậm) ít hơn so với trong các trình tự protein sense (các cột màu đỏ), đồng thời sự thay đổi giảm của các trimer BSĐN tương ứng của chúng (là TAA và TAG) trong các trình tự protein sense (các cột màu cam) ít hơn so với trong các trình tự protein antisense (các cột màu xanh nõn chuối).
Tương tự, trên R2 (Hình 3.3B), số trimer có mật độ thay đổi tăng ít hơn số trimer có mật độ thay đổi giảm, đồng thời trimer có mật độ thay đổi tăng nhiều nhất ở đây cũng là GAG trong các trình tự protein antisense và trimer BSĐN của nó, CTC, trong các trình tự protein sense. Các trimer có mật độ thay đổi giảm nhiều nhất cũng là TTA và CTA trong các trình tự protein sense, và các trimer BSĐN tương ứng của chúng, TAA và TAG, trong các trình tự protein antisense. Mật độ của TTA và CTA trong các trình tự protein antisense cũng ít hơn so với trong các trình tự protein sense, và của TAA và TAG trong các trình tự protein sense cũng ít hơn so với trong các trình tự protein antisense.
Mặt khác, có thể thấy từ Hình 3.3 rằng, tất cả các trimer và trimer BSĐN tương ứng trên cả hai replichore đều thay đổi về mật độ phân bố, dù ít hay nhiều.
Mật độ phân bố của các trimer trong các trình tự protein sense và antisense của các loài B. thailandensis E264, B. pseudomallei 1026b, B. mallei SAVP1, B. mallei
41
ATCC23344 so với loài B. rhizoxinica HKI 454 cũng có kiểu thay đổi tăng (hoặc giảm) giống nhƣ ở loài B. lata 383 (Hình 3.4, 3.5, 3.6 và 3.7). Có thể thấy rằng các loài khác nhau có sự khác nhau về mức độ thay đổi về mật độ của các trimer, thể hiện qua các giá trị log10(MTB/MTA).
Hình 3.4. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. rhizoxinica HKI 454 và B. thailandensis E264.
Hình 3.5. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. rhizoxinica HKI 454 và B. pseudomallei 1026b.
42
Hình 3.6. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. rhizoxinica HKI 454 và B. mallei SAVP1.
Hình 3.7. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. rhizoxinica HKI 454 và B. mallei ATCC23344.
Trong nhánh II ở Hình 2.1, so với vi khuẩn B. phymatum STM815, mật độ phân bố của các trimer trên R1 của loài B. xenorovans LB400 cũng có thay đổi tăng lẫn thay đổi giảm nhƣ các vi khuẩn ở nhánh I (Hình 2.1), tuy nhiên số trimer có mật độ thay đổi tăng lại nhiều hơn so với số trimer có mật độ thay đổi giảm, đồng thời các trimer có
43
mật độ thay đổi tăng lại có mức tăng nhiều hơn so với các trimer có mật độ thay đổi giảm (Hình 3.8).
Hình 3.8. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. phymatum STM815 và B. xenorovans LB400.
Trên R1 (Hình 3.8A), các trimer có mật độ thay đổi tăng nhiều nhất gồm có TTA trong các trình tự protein sense (cột màu đỏ) và trimer BSĐN của nó, TAA, trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh nõn chuối); trimer TCT trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh dương đậm) và trimer BSĐN của nó, AGA, trong các trình tự protein sense (cột màu cam); trimer TAT trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh dương đậm) và trimer BSĐN của nó, ATA, trong các trình tự protein sense (cột màu cam); trimer GGT trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh dương đậm) và trimer BSĐN của nó, ACC, trong các trình tự protein sense (cột màu cam); trimer CCT trong các trình tự protein antisense (cột màu xanh dương đậm) và trimer BSĐN của nó, AGG, trong các trình tự protein sense (cột màu cam); ngoài ra còn có thể kể đến AGT trong các trình tự protein sense và antisense (cột màu đỏ và màu xanh dương đậm tương ứng) và trimer BSĐN của nó, ACT, trong các trình tự protein sense và antisense (tương ứng với cột màu cam và màu xanh nõn chuối).
44
Trên R2 (Hình 3.8B) cũng vậy, số trimer có sự thay đổi tăng cũng nhiều hơn so với số trimer có sự thay đổi giảm, đồng thời các trimer có mật độ tăng cũng có mức tăng nhiều hơn so với các trimer có mật độ giảm. So với các vi khuẩn trong nhánh I nơi có sự thay đổi mật độ các trimer trên R1 khá giống trên R2, ở B. xenorovans LB400, mật độ các trimer thay đổi trên R1 khác ở các mức thấy rõ trên R2. Sự khác nhau này càng rõ nét khi xem xét B. phymatum STM815 và một loài khác tiến hóa xa hơn, loài Burkholderia Sp. CCGE1003 (Hình 3.9).
Hình 3.9. Mức độ khác nhau về mật độ trimer giữa B. phymatum STM815 và Burkholderia Sp.
CCGE1003.
Hình 3.9A cho thấy các trimer TCT, TCA, TAT, GCA, CCT, ACA có mật độ thay đổi mạnh mẽ hơn trong các trình tự protein antisense trên R1 (các cột màu xanh dương đậm) so với loài B. xenorovans LB400 (Hình 8A). Các trimer BSĐN tương ứng của chúng trong các trình tự protein antisense trên replichore này (các cột màu xanh nõn chuối) cũng thay đổi mạnh mẽ, tuy nhiên với mức độ ít hơn so với các trimer của chúng trong cùng các trình tự (các cột màu xanh dương đậm). Trong khi đó, mật độ các trimer và trimer BSĐN tương ứng của chúng trên R2 (Hình 3.9B) thay đổi ít hơn so với trên R1.
Như vậy, các kết quả nghiên cứu cho thấy mật độ phân bố của tất cả các trimer đều có thay đổi khi vi khuẩn tiến hóa. Có cả thay đổi tăng lẫn thay đổi giảm.
45
Các loài khác nhau có số lượng các trimer (và các trimer BSĐN tương ứng) cụ thể có mức độ thay đổi về mật độ phân bố rất khác nhau trong các trình tự protein sense và antisense trên cả hai replichore của nhiễm sắc thể.
Thế nhƣng, những thay đổi về mật độ phân bố trimer này có nét gì chung để có thể bảo tồn được sự tương đồng về mật độ của trimer và trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense và antisense trên hai replichore của nhiễm sắc thể nhƣ đã trình bày trong Mục 3.1.2?