CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ BÀN LUẬN
3.2. MỨC ĐỘ THAY ĐỔI MẬT ĐỘ TRIMER TRONG CÁC TRÌNH TỰ
3.2.2. Khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense giữa các loài
Do mật độ trimer trong trình tự nhiễm sắc thể hoàn chỉnh có tính đặc trƣng loài rất cao và do đó có khả năng phân loại vi khuẩn tốt hơn 16S rDNA ở mức dưới giống [34], cho nên trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng mật độ trimer trong các trình tự protein sense và antisense để tính khoảng cách tiến hóa của các trình tự này giữa các loài.
Theo kết quả nghiên cứu trình bày ở Mục 3.1.2, luôn có sự tương đồng giữa mật độ phân bố trimer trong các trình tự protein sense (hoặc antisense) trên một replichore và mật độ phân bố trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense (hoặc sense) trên replichore còn lại của nhiễm sắc thể khi các vi khuẩn tiến hóa. Do đó, trong phần nghiên cứu này, chúng tôi so sánh mật độ phân bố của các trimer trong các trình tự protein sense (hoặc antisense) trên từng replichore của nhiễm sắc thể giữa hai loài với nhau, sử dụng hàm CORREL trong Excel. Với các loài có nhiều hơn một nhiễm sắc thể, giá trị trung bình của các giá trị mật độ trimer trong các trình tự này trên từng replichore của tất cả các nhiễm sắc thể đƣợc sử dụng. Nếu có sự thay đổi (hay khác nhau) ít về mật độ phân bố của các trimer, kết quả của hàm CORREL là hệ số quan hệ Pearson (r) sẽ tiến về giá trị 1, còn nếu có sự thay đổi càng nhiều về mật độ phân bố của các trimer thì r sẽ càng tiến ra xa và càng nhỏ hơn giá trị 1. Khi đó, độ lớn d = 1- r thể hiện khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense (hoặc antisense) trên R1 hoặc R2 giữa hai vi khuẩn. Hình 3.10 và Hình 3.11 tương ứng cho thấy khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense trên R1 và trên R2 giữa vi khuẩn B. rhizoximica HKI454 và các vi khuẩn khác trong nhánh I ở Hình 2.1.
46
Hình 3.10.Khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense trên R1của B.
rhizoximica HKI454 và của các loài khác trong nhánh I.
Trên R1, khoảng cách giữa các trình tự protein sense (các cột màu đỏ) tạo bởi sự thay đổi về mật độ của các trimer trong các trình tự này và khoảng cách giữa các trình tự protein antisense (các cột màu xanh nõn chuối) tạo bởi sự thay đổi về mật độ của các trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense là ngắn hơn cả, chứng tỏ các mật độ trimer trong các trình tự protein sense và các trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense thay đổi ít hơn so với mật độ trimer trong các trình tự protein antisense (thể hiện bởi các cột màu xanh dương đậm) và mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense (thể hiện bởi các cột màu cam). Một điều đáng lưu ý nữa là, trên R1, khoảng cách giữa các trình tự protein antisense (các cột màu xanh dương đậm) và khoảng cách giữa các trình tự protein sense (các cột màu cam) đã lớn lại còn khác biệt nhau rất nhiều, chứng tỏ trong quá trình tiến hóa, trên R1, mật độ các trimer trong các trình tự protein antisense và mật độ các trimer BSĐN
47
tương ứng trong các trình tự protein sense không những thay đổi mạnh mẽ hơn các mật độ trimer trong hai nhóm trình tự kia mà còn khác nhau rất nhiều.
Hình 3.11. Khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense trên R2 của B.
rhizoximica HKI454 và của các loài khác trong nhánh I.
Trên R2, tương tự như trên R1, các giá trị khoảng cách tiến hóa cho thấy mật độ trimer trong các trình tự protein sense và mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense cũng thay đổi ít hơn so với mật độ trimer trong các trình tự protein antisense và mật độ trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense.
Đồng thời, mật độ các trimer trong các trình tự protein antisense và mật độ các trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense cũng thay đổi mạnh mẽ hơn so với các mật độ trimer trong hai nhóm trình tự còn lại, và cũng khác nhau rất nhiều. Tuy vậy, sự khác nhau này đối lập với trên R1, trừ B. mallei ATCC23344.
48
Trong nhánh II (Hình 2.1), khoảng cách giữa các trình tự protein sense và antisense trên hai replichore của các vi khuẩn ở nhánh B cũng được tìm thấy tương tự nhƣ của các vi khuẩn trong nhánh I (Hình 3.12 và 3.13).
Hình 3.12. Khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense trên R1 củaB.
phymatum STM815 và của hai loài khác trong nhánh II.
Hình 3.13. Khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự protein sense và antisense trên R2 củaB.
phymatum STM815 và của hai loài khác trong nhánh II.
Nói chung, trong quá trình tiến hóa của các vi khuẩn thuộc họ Burkholderiaceae, mật độ của các trimer trong các trình tự protein sense và mật độ của các trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein antisense ít thay đổi hơn so với mật độ của các trimer trong các trình tự protein antisense và mật độ trimer
49
BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense. Sự thay đổi diễn ra mạnh mẽ hơn nhiều cho các trimer trong các trình tự protein antisense và các trimer BSĐN tương ứng trong các trình tự protein sense. Đồng thời, những thay đổi về mật độ của các trimer trong các trình tự protein antisense và của các trimer BSĐN trong các trình tự protein sense cũng rất khác biệt.
Kết quả tìm thấy ở trên chứng tỏ rằng, trong quá trình tiến hóa, các trimer trong các trình tự protein sense ít bị thay thế hơn so với trong các trình tự protein antisense, và các trimer BSĐN tương ứng của các trimer này trong các trình tự protein antisense ít bị thay thế hơn so với trong các trình tự protein sense trên cả hai replichore của nhiễm sắc thể.